Une distinction est faite entre la taxonomie et la systématique. La systématique traite de la manière dont les groupes sont liés les uns aux autres. La taxonomie consiste à créer des groupes (taxons), à décider de ce qui doit être réuni. La taxonomie est également connue sous le nom de classification.
La nomenclature est une partie spéciale de la taxonomie. Elle consiste en des règles sur les noms à utiliser. Ainsi, un taxonomiste décide d'abord de ce qui appartient ou non à un groupe, puis utilise la nomenclature pour décider du nom que ce groupe doit porter. Si un groupe est élargi ou agrandi, il peut recevoir un nom différent. D'autre part, le même nom peut désigner un taxon plus grand (selon un taxonomiste particulier) ou un taxon plus petit (selon un autre taxonomiste). Cela signifie que la stabilité des noms scientifiques n'est pas garantie. La plupart des noms sont stables, mais pour certains taxons, il n'y a pas d'accord sur leur nom, parce que les taxonomistes ne s'entendent pas sur ce qui doit et ce qui ne doit pas être fait ensemble.
Un taxonomiste peut décider lui-même des raisons scientifiques qu'il adopte pour constituer un groupe (un taxon). S'il n'est pas convaincant dans son choix, les autres taxonomistes ne seront pas d'accord avec lui, et ils prendront alors d'autres dispositions. De nos jours, la classification biologique est surtout censée se faire en fonction des relations évolutives (phylogénétiques), pour autant qu'elles soient connues.
