Deux propriétés des molécules du CMH font qu'il est difficile pour les agents pathogènes d'esquiver la réponse immunitaire.
1. La CMH est polygénique. Il existe plusieurs gènes différents, de sorte que chaque personne ou animal possède un ensemble de molécules du CMH qui se lient à des gammes de peptides quelque peu différentes.
2. Les gènes du CMH sont très polymorphes. Cela signifie qu'il existe de multiples variantes des allèles de chaque gène dans la population. Le polymorphisme est si élevé que dans une population mixte, il n'y a pas deux individus qui possèdent exactement le même ensemble de gènes et de molécules du CMH, à l'exception de jumeaux identiques.
Au sein d'une population, la présence de nombreux allèles différents signifie qu'il y aura presque toujours un individu avec une molécule CMH spécifique capable de charger le bon peptide pour reconnaître un microbe spécifique. L'évolution du polymorphisme du CMH signifie qu'une population ne succombera pas à un nouvel agent pathogène ou à un agent muté, car au moins certains individus seront capables de développer une réponse immunitaire adéquate pour vaincre l'agent pathogène. Les variations des molécules du CMH sont le résultat de l'héritage de différentes molécules du CMH.
Transplantations
Les transplantations sont limitées à celles qui obtiennent le moins de réaction du système CMH lors des tests de compatibilité des tissus.
Maladies auto-immunes
Une maladie auto-immune se produit lorsque les cellules immunitaires ne reconnaissent pas les molécules du CMH d'autres cellules et commencent à attaquer leur propre corps.
