L'épistasie est l'interaction entre les gènes à différents loci. C'est un terme inventé par William Bateson en 1909.
Lorsque Gregor Mendel a fait ses expériences sur le pois de senteur, il a choisi sept caractéristiques, comme les pois ronds contre les pois ridés, et les plantes hautes contre les plantes courtes. Il a découvert que les plantes avaient des paires de "facteurs" (gènes) qui contrôlaient leur apparence (phénotype). Cependant, une paire de facteurs n'affectait jamais les autres paires. Mais en cas d'épistasie, l'action d'un gène affecte un autre gène, même s'il est situé sur un chromosome différent.
L'utilisation de ce terme a varié quelque peu. Son sens initial était assez étroit : par exemple, un gène pour l'absence d'ailes chez la drosophile masquera évidemment les gènes pour tout autre aspect des ailes. En général, cependant, l'épistasie dénote toute dérogation à l'indépendance des effets des différents loci génétiques.