Les Eugénozoaires sont un grand groupe de protistes flagellés. Ils font partie du taxon des corbeilles à papier connu sous le nom de Protozoa, qui contenait de nombreux protistes manifestement différents.
Les eugénozoaires comprennent une variété d'espèces communes vivant en liberté, et quelques parasites importants, dont quelques-uns infectent l'homme. Il existe deux sous-groupes principaux, les eugénoïdes et les cinétoplastides. Les eugénozoaires sont unicellulaires et mesurent généralement entre 15 et 40 µm, bien que certains eugénides atteignent jusqu'à 500 µm de long.
La plupart des eugénozoaires ont deux flagelles, parallèles l'un à l'autre dans une structure en forme de poche. Chez certains, il y a un cytostome ou une bouche, utilisée pour ingérer des bactéries ou d'autres petits organismes. Celui-ci est soutenu par un microtubule à partir des bases des flagelles ; deux autres tubules soutiennent les surfaces dorsale et ventrale de la cellule.
Certains autres eugénozoaires se nourrissent par absorption, et de nombreux eugénozoaires possèdent des chloroplastes et obtiennent ainsi de l'énergie par photosynthèse. Ces chloroplastes sont entourés de trois membranes et contiennent les chlorophylles A et C, ainsi que d'autres pigments, donc probablement issus de ceux d'une algue verte capturée. La reproduction se fait exclusivement par division cellulaire. Lors de la mitose, la membrane nucléaire reste intacte, et les microtubules fusiformes se forment à l'intérieur de celle-ci.
Le groupe se caractérise par l'ultrastructure de la flagelle. En plus des microtubules de support normaux, chacun contient une tige (appelée paraxonémale), qui a une structure tubulaire dans un flagelle et une structure en treillis dans l'autre.