Un eucaryote est un organisme à cellules complexes, ou une cellule unique à structures complexes. Dans ces cellules, le matériel génétique est organisé en chromosomes dans le noyau de la cellule.

Les animaux, les plantes, les algues et les champignons sont tous des eucaryotes. On trouve également des eucaryotes parmi les protistes unicellulaires. En revanche, les organismes plus simples, tels que les bactéries et les archées, n'ont pas de noyau ni d'autres structures cellulaires complexes. Ces organismes sont appelés procaryotes.

Les eucaryotes sont souvent traités comme un super-royaume, ou domaine.

Les eucaryotes ont évolué au cours de l'ère protérozoïque. Le plus ancien eucaryote probable connu est le Grypania, un filament enroulé et non ramifié pouvant atteindre 30 mm de long. Les plus anciens fossiles de Grypania proviennent d'une mine de fer près de Negaunee, dans le Michigan. Les fossiles ont été datés à l'origine d'il y a 2100 millions d'années, mais des recherches ultérieures ont montré qu'ils dataient d'environ 1874 millions d'années. La Grypanie a duré jusqu'à l'ère mésoprotérozoïque.

Un autre groupe ancien est celui des acritarches, que l'on croit être les kystes ou les stades de reproduction du plancton algal. On les trouve il y a 1400 millions d'années, à l'ère mésoprotérozoïque. p57

La classification des Eukaryota fait l'objet de discussions actives, et plusieurs taxonomies ont été proposées. Toutes les versions modernes comportent cinq royaumes, mais ne s'accordent pas sur les groupes qui entrent dans chaque royaume.