La ville de Pontarlier est située à l'ouest de la région Bourgogne-Franche-Comté, dans la partie sud-ouest du département du Doubs.
La commune de Pontarlier a une superficie de 41,4 km2. La ville est située sur un plateau et son altitude moyenne est de 1 066 m ; à l'hôtel de ville, l'altitude est de 840 m.
Le Doubs traverse la ville.
| Distance entre Pontarlier et les autres villes |
| Besançon | Paris | Bordeaux | Toulouse | Montpellier | Lyon | Nantes |
| 58 km (36 mi) | 466 km (290 mi) | 781 km (485 mi) | 769 km (478 mi) | 530 km (330 mi) | 232 km (144 mi) | 791 km (492 mi) |
| Pontarlier et ses communes voisines |
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La ville de Pontarlier est entourée par les communes :
Lieux adjacents à Pontarlier |
| Dommartin | Doubs, Arçon | Maisons-du-Bois-Lièvremont, Les Alliés | | Houtaud | Pontarlier | Les Verrières (Canton de Neuchâtel) (Suisse) | | Granges-Narboz | La Cluse-et-Mijoux | Verrières-de-Joux | |
Climat
Le type de classification climatique Köppen pour Pontarlier est un "climat océanique" (également appelé climat tempéré maritime) et du sous-type Cfb.