Les premiers habitants de la région que nous connaissons ont vécu dans la vallée de la Vltava vers 500 avant JC. Les tribus slaves sont arrivées en Bohême vers 500 après J.-C. J.-C. Une légende raconte les débuts de la ville de Prague. La princesse Libuše, chef d'une tribu slave, a choisi un simple paysan Přemysl pour être son mari. Elle lui a dit d'aller trouver un village sur les rives de la Vltava et d'y fonder une ville. La ville est devenue Prague, dirigée par la famille Přemyslid.
Dans la seconde moitié du IXe siècle, les fortifications d'origine du château ont été construites. Sous le règne de Venceslas Ier (Václav en tchèque), au 10e siècle, l'église de St Vitus a été construite au château de Prague. Venceslas a été assassiné par son frère alors qu'il se rendait à l'église. Il a ensuite été fait saint. Au début du 11e siècle, la famille Přemyslid a également pris le pouvoir en Moravie. Vratislav II a été le premier monarque à être appelé roi de Bohême.
Un autre souverain, également appelé Venceslas Ier, a régné en tant que roi de Bohême à partir de 1230. Il encourageait les arts. Beaucoup d'Allemands sont venus vivre à Prague. En 1257, le roi Otakar II a fondé le quartier de Prague appelé le Petit Quartier pour que les Allemands puissent y vivre. Le dernier des rois de Přemyslid était le roi Venceslas III. Il a été assassiné en Moravie.
Au cours du Moyen Âge, Prague est devenue très importante en tant que capitale du Saint-Empire romain dirigé par Charles IV (1316-1378) qui était le plus puissant souverain d'Europe à l'époque. Charles a fait de Prague une grande ville, en construisant la cathédrale St Vitus, une université et un célèbre pont appelé Pont Charles qui existe toujours.
Après Charles IV, il y a eu de nombreuses disputes et combats à Prague. Un prêtre appelé Jan Hus a déclaré que l'Église catholique était devenue trop puissante. Il a été arrêté et brûlé sur le bûcher en 1415. Beaucoup de gens étaient d'accord avec ce que Hus avait dit. Ces personnes étaient appelées hussites. Ils ont jeté par la fenêtre beaucoup de personnes catholiques importantes (ce qu'on appelle la "défenestration"). D'autres combats ont suivi et pendant de nombreuses années, la Bohême a été gouvernée par des rois qui vivaient dans d'autres pays.
À partir de 1526, la famille Habsbourg a régné sur la Bohême. Ils étaient catholiques et dirigeaient le Saint Empire romain. En 1576, l'empereur Rodolphe II a déplacé la capitale de Vienne à Prague. Prague redevient une ville riche et les gens sont libres de pratiquer leur culte en tant que catholiques ou protestants. Après Rodolphe II, il y a eu beaucoup de combats religieux et de plus en plus de gens ont été jetés par les fenêtres. Finalement, les combats ont fait partie de la guerre de Trente Ans. Lorsque Ferdinand II a gagné les combats, beaucoup de protestants ont quitté le pays. De nouveaux bâtiments ont été construits à Prague dans le style baroque. La langue allemande, et non le tchèque, était parlée à la cour. Marie-Thérèse est la seule reine à régner sur Prague. L'un de ses 16 enfants était Marie-Antoinette, qui devint reine de France. Lorsque son fils Joseph II a régné, les gens ont cessé de se battre pour la religion. Les gens étaient libres de dire ce qu'ils pensaient, et il n'y avait plus de servage. Prague était désormais divisée en trois parties : la Vieille Ville, le Petit Quartier et la Nouvelle Ville. Des personnages célèbres comme Wolfgang Amadeus Mozart visitaient souvent la ville.
Au XIXe siècle, l'industrie est venue à Prague. Des usines ont été construites, un chemin de fer a été construit entre Prague et Vienne. Le mouvement nationaliste tchèque est devenu très fort après 1848. Ils voulaient utiliser leur propre langue au lieu de l'allemand. Les compositeurs Smetana et Dvořák ont écrit de la musique sur leur pays, souvent en utilisant des chansons folkloriques tchèques. Le Théâtre national a été ouvert en 1881.
En juin 1914, l'archiduc François-Ferdinand, héritier du trône des Habsbourg, est assassiné. Après la guerre, une république indépendante appelée Tchécoslovaquie a été formée avec Prague comme capitale. La Bohême, la Moravie et la Slovaquie en faisaient partie. En 1938, Hitler envahit le pays. Il a été libéré par les troupes soviétiques en mai 1945. Cependant, les communistes prirent rapidement le pouvoir et le pays fut dirigé par des communistes qui durent obéir à l'Union soviétique. Le premier ministre Alexander Dubček a progressivement tenté de faire des réformes. Cette période est appelée le "Printemps de Prague". En 1968, l'Union soviétique a envoyé des chars à Prague, sur la place Venceslas, pour rétablir le pouvoir.
La démocratie s'est progressivement installée à Prague en 1989, lors de la Révolution de velours. En 1993, la République tchèque et la Slovaquie se sont séparées en deux pays. Aujourd'hui, ces deux pays font partie de l'Union européenne.