En mai 2001, Roy a créé Mukto-Mona, qui signifie "esprit libre", en tant que groupe Yahoo. En 2002, Mukto-Muno est devenu un site web. Mukto-Muno a lancé la première Journée Darwin bengali, la Journée rationaliste et la Journée internationale de la femme sur Internet. Le groupe a travaillé pour la liberté des minorités religieuses et des écrivains laïques. Le groupe a discuté de questions religieuses et de questions LGBT.
Avjit Roy a écrit de nombreux articles, ainsi que des livres. En 2014, Roy a reçu des menaces de mort après avoir écrit un livre. Une des menaces sur Facebook disait : "Avijit Roy vit en Amérique et il n'est donc pas possible de le tuer pour le moment, mais il sera assassiné à son retour".
En 2015, Avijit Roy est retourné à Dhaka et a été tué après avoir quitté un salon du livre avec sa femme. La femme de Roy, Rafida Bonya Ahmed, a également été blessée lors de l'attaque. Le 2 mars 2016, Farabi Shafiur Rahman a été arrêté pour l'attentat. Farabi a écrit sur Facebook : "Avijit vit en Amérique. Il n'est pas possible de le tuer maintenant. Mais il sera tué quand il sera de retour dans le pays." Rahman est un blogueur du groupe islamiste interdit Hizb ut-Tahrir.
