Le 5 juin 1964, Khomeiny est arrêté et envoyé en exil. Il est exilé en Irak, en Turquie, puis en France. Khomeiny prononce de nombreux discours en France contre Mohammad Reza Pahlavi, le dernier chah d'Iran. Le 16 janvier 1979, Pahlavi quitte l'Iran. Deux semaines plus tard, le 1er février, Khomeiny retourne en Iran.
Il a reçu une éducation religieuse traditionnelle à Qom (ville en Iran). Lorsqu'il a vécu à Najaf (une ville sainte en Irak) pendant quelques années, il a parlé des idées de l'Islam sur le gouvernement. Pendant cette période, il a affiné sa théorie du velayat-e faqih ("gouvernement du juriste").
Le 11 février 1979, Khomeini nomme son premier Premier ministre, Medhi Bazargan. Le 30 mars 1979, un référendum a eu lieu en Iran et, en conséquence, la monarchie a été remplacée par une République islamique. Après la révolution islamique, Khomeini est devenu le Guide suprême de l'Iran.
Fatwa de Rushdie
Au début de 1989, Khomeini a publié un fatwā appelant les musulmans à tuer Salman Rushdie et "tous ceux impliqués dans la publication" de son livre intitulé Les Versets Sataniques. Rushdie n'a jamais été tué. Cependant, le traducteur japonais du livre a été poignardé à mort en 1991.
