La gastrulation est une phase précoce du développement de la plupart des embryons animaux. L'embryon y est restructuré de façon spectaculaire par la migration des cellules.

La gastrulation varie selon les différents phyla. Elle est suivie par l'organogenèse, lorsque des organes individuels se développent dans les couches germinales nouvellement formées.

La gastrula est le stade à double paroi de l'embryon. Pendant la gastrulation, certaines des cellules de la blastula migrent vers l'intérieur pour former une couche interne, l'endoderme. Chez certains animaux, une autre couche cellulaire se forme, le mésoderme, entre l'endoderme et l'ectoderme.