La cystéine (abrégée en Cys ou C) est un acide aminé α. Il a la formule chimique HO2CCH(NH2)CH2SH.

La cystéine est un acide aminé semi-essentiel, ce qui signifie que l'homme peut la fabriquer. Les codons UGU et UGC codent pour la cystéine. La chaîne latérale thiol de la cystéine provoque souvent des réactions enzymatiques en tant que nucléophile. Le thiol s'oxyde pour donner le dérivé disulfure de la cystine, qui est important dans de nombreuses structures protéiques. Lorsqu'elle est utilisée comme additif alimentaire, la cystéine porte le numéro E920.