Sora et ses meilleurs amis, Riku et Kairi, prévoient de quitter leurs maisons sur les îles de la Destinée pour explorer leur monde, mais leurs plans sont interrompus lorsque leur monde est attaqué par les Sans-Cœur, des monstres qui volent le cœur des gens. Lors de l'attaque, Sora devient capable d'utiliser une arme appelée Keyblade. Leur monde est détruit, et Sora, Riku et Kairi se retrouvent sur des mondes différents. Sora fait équipe avec les personnages de Disney Donald Duck et Goofy pour retrouver ses amis perdus, et ils voyagent dans des mondes basés sur différents films de Disney, dont Alice au pays des merveilles, La petite sirène et Le cauchemar avant Noël.
Sora apprend plus tard que Riku s'est rangé du côté des Ténèbres et a enlevé Kairi. Riku est contrôlé par un sans-cœur appelé Ansem, qui veut capturer les femmes et les filles qui sont des princesses de cœur afin d'ouvrir les Cœurs du Royaume, le cœur de tous les mondes. Sora sauve Kairi et Riku et vainc Ansem. Kairi rentre chez elle dans les îles de la Destinée, mais Riku reste dans les Kingdom Hearts avec le roi Mickey pour la défendre. Kingdom Hearts disparaît alors. Sora dit à Kairi qu'il ne rentrera pas à la maison tant qu'il n'aura pas trouvé Riku, et part avec Donald et Goofy pour commencer une nouvelle aventure.
