Entre Rouen et la mer, des navires océaniques d'une longueur maximale de 280 mètres et d'un poids de 150 000 tonnes peuvent naviguer sur la Seine. Cette section du fleuve a une longueur d'environ 120 kilomètres. Des navires d'un tirant d'eau allant jusqu'à 10 mètres peuvent y circuler. Le tirant d'eau est un mot qui décrit la hauteur de la partie d'un navire qui se trouve sous la ligne de flottaison. Il y a trois ponts dans cette section. Ils peuvent être surélevés. Le tirant d'air maximum (ou hauteur au-dessus de la ligne de flottaison) d'un navire est de 50 mètres (160 ft). Comme il y a peu de ponts, le fleuve peut être traversé par un ferry, à différents endroits. Le port de Rouen est un port maritime important en France ; c'est le plus important port d'Europe pour les céréales, et le plus important port de France pour la farine et les engrais. Même si le port du Havre est plus important pour le pétrole, celui de Rouen l'est toujours. Environ 25 millions de tonnes de produits sont traitées par le port de Rouen chaque année.
Le cours de la rivière a été corrigé entre Rouen et Paris au XIXe siècle. Il y a sept écluses. Des péniches à marchandises, d'une capacité allant jusqu'à 350 t, peuvent y circuler. La dimension de l'écluse détermine la dimension maximale du navire. Lorsque la plupart des canaux ont été construits en France, le ministre des travaux publics, Charles de Freycinet, a déterminé la longueur maximale des écluses. Ainsi, la dimension maximale du navire est de 38,5 mètres (126 ft) sur 5,05 mètres (16,6 ft), avec un tirant d'eau de 2,5 mètres (8 ft 2 in). Dans le cas des canaux français, le tirant d'eau maximal est de 1,8 mètre. La charge d'une péniche est environ celle de dix camions ou de huit wagons de chemin de fer. Les autres types de navires qui peuvent circuler ont une capacité de 800 tonnes (790 tonnes longues ; 880 tonnes courtes) à 1 350 tonnes (1 330 tonnes longues ; 1 490 tonnes courtes). Convois de péniches d'une longueur comprise entre 40 mètres (130 ft) et 70 mètres (230 ft) et pouvant transporter entre 3 000 tonnes (3 000 tonnes longues ; 3 300 tonnes courtes) et 10 000 tonnes (9 800 tonnes longues ; 11 000 tonnes courtes) de fret. Les autres navires sont des bateaux fluviaux qui peuvent transporter jusqu'à 4 000 tonnes (3 900 tonnes longues et 4 400 tonnes courtes) de fret.
Le port de Paris est le plus important port fluvial de France : Environ 20,2 millions de tonnes de marchandises sont traitées chaque année, dont 20 millions de tonnes proviennent du transport fluvial. Il existe un projet appelé Canal Seine-Nord Europe, qui vise à construire un canal de grande capacité pour relier la région parisienne aux ports d'Anvers, de Dunkerque et de Rotterdam, pour les grands navires d'une largeur de 11,5 mètres et d'une longueur de 185 mètres.