Fin 1999, Jimmy Wales a commencé à réfléchir à une encyclopédie en ligne construite par des bénévoles. En janvier 2000, il a engagé Larry Sanger pour la gérer. Le projet a été mis en ligne le 9 mars 2000. En novembre 2000, seuls deux articles complets avaient été publiés.
Dès ses débuts, Nupedia était une encyclopédie de contenu libre. Bomis, l'entreprise de Jimmy Wales, allait tirer de l'argent des publicités sur le site de Nupedia. Au début, le projet a utilisé une licence qui a été constituée par Wales et Sanger. Plus tard, il a commencé à utiliser la Nupedia Open Content License. En janvier 2001, il est passé à la licence de documentation libre GNU. C'est parce que Richard Stallman et la Free Software Foundation ont dit qu'ils devaient le faire.
Toujours en janvier 2001, Nupedia a lancé Wikipédia. Au début, il ne s'agissait pas d'une encyclopédie. Il s'agissait plutôt d'un projet parallèle permettant aux gens de travailler sur des articles pour Nupedia avant qu'ils ne soient évalués par des pairs. Au fur et à mesure que Wikipédia s'est développée et a attiré de nouveaux utilisateurs, elle a commencé à fonctionner sans Nupedia. Cependant, Larry Sanger a été le premier à mener des activités sur Wikipédia. C'est parce qu'il était le rédacteur en chef de Nupedia.
Wikipédia a conduit à la fermeture progressive de Nupedia. Jimmy Wales a décidé de ne plus payer Sanger en décembre 2001. Sanger a alors quitté Nupedia et Wikipédia. Après le départ de Sanger, Nupedia est devenue encore moins remarquée que Wikipédia. Comme la Nupedia était de moins en moins utilisée, l'idée de changer ses articles en articles Wikipédia a parfois été proposée. Cependant, cela n'a jamais été fait. Après sa fermeture, les articles de la Nupedia ont été transférés sur Wikipédia.
