Nephthys était une déesse dotée de vastes pouvoirs et capacités, et on l'appelait souvent "l'excellente déesse". Elle pouvait aussi être dangereuse, capable de tuer les ennemis du roi avec son souffle ardent. En cette qualité, elle était considérée comme une protectrice du roi. Nephthys n'était pas seulement une déesse de la mort, de la décadence et des ténèbres, mais aussi une magicienne dotée de grands pouvoirs de guérison.
Nephthys joue un rôle central dans les mythes populaires d'Osiris ; ce sont ses pouvoirs magiques qui aident à ressusciter son corps, ainsi qu'à protéger et à nourrir Horus pendant son enfance.
Dans certains contextes, elle est présentée comme une protectrice des morts, dans d'autres comme la protectrice du Hapi à tête de babouin, l'une des 4 jarres canopes.
À la fin de la période, elle s'est liée à la déesse Anuket.