Dans la nouvelle version théâtrale de Neon Genesis Evangelion (également connue sous le nom de Rebuild of Evangelion), Kaworu joue un rôle légèrement plus important. Il apparaît pour la première fois vers la fin de la version 1.0 : Vous êtes (pas) seul, vous vous réveillez dans un cercueil sur la lune. Il se lève alors et regarde la terre, en faisant remarquer que "le troisième n'a pas changé", et qu'il est impatient de le rencontrer (Shinji Ikari).
En 2.0 : Vous pouvez (pas) avancer, Gendo Ikari et Kozo Fuyutsuki se rendent à la base lunaire de la Seele pour observer la construction de l'unité 06, et voient Kaworu assis au doigt de l'unité 06, ne portant qu'un pantalon. Kaworu semble adresser Gendo comme "Père", bien que l'on ignore s'il l'entendait littéralement ou métaphoriquement. On voit aussi Kaworu enfiler brièvement une combinaison, toujours sur la lune, alors que l'illustre Makinami se prépare à combattre Zeruel sur le Géofront. Sa dernière apparition dans la version 2.0 se situe à la toute fin du film, après le générique. Ce qui est vraisemblablement une lance de Longinus est projetée vers la terre et finit par empaler l'unité 01, stoppant le Third Impact. On voit ensuite Kaworu descendre vers la terre dans l'unité 06, avec un regard inhabituellement furieux. Il promet que cette fois, il apportera le bonheur à Shinji.
Dans le prochain film, 3.0 : Vous pouvez (pas) refaire, Kaworu joue un rôle beaucoup plus important. Alors qu'Asuka et Shinji dans l'unité 01 tombent sur terre, Kaworu dit qu'il a attendu Shinji. Il est ensuite vu en train de jouer du piano au QG de la Nerv, après que Shinji y ait été amené par l'unité 00. Le père de Shinji l'informe plus tard qu'il doit copiloter une nouvelle unité de l'Evangelion, l'unité 13, aux côtés de Kaworu (il ne dit pas le nom de Kaworu). Kaworu appelle alors Shinji et lui demande de jouer du piano. Il hésite d'abord, mais grâce aux conseils de Kaworu, les deux hommes parviennent à jouer un duo en toute quiétude, malgré l'affirmation de Shinji selon laquelle il ne savait pas jouer. Kaworu se présente, et lui dit qu'ils sont tous deux des enfants liés par le destin. Kaworu et Shinji continuent à jouer du piano ensemble (ce qui les aide indirectement à se synchroniser pour activer ensemble l'unité 13 plus tard), et viennent se voir comme des amis, Kaworu commentant qu'il "est vraiment né pour le rencontrer" - une citation presque exacte de son rôle dans la série originale. Lorsque Shinji exprime sa peur face à ce qui s'est passé pendant les 14 années de son absence, Kaworu lui montre la destruction du near-Third Impact, en soulignant que tout a été provoqué par Shinji, mais aussi en lui assurant qu'"il y a toujours de l'espoir" et en disant plus tard à Shinji qu'ensemble, ils peuvent tout réparer avec les deux lances du Central Dogma.
Avant de piloter l'unité 13, Kaworu retire le collier DSS du cou de Shinji et le place sur son propre cou afin que Shinji n'ait pas à craindre la mort pendant qu'ils activent l'unité 13. Cependant, après être descendu au Central Dogma pour récupérer les lances, Kaworu se rend compte que quelque chose ne va pas. Il demande à Shinji de ne pas prendre les lances, mais Shinji coupe ses contrôles et les retire quand même. Peu de temps après, le Fourth Impact démarre et l'unité 13 se réveille. Le DSS choker commence à s'activer, et Shinji est poussé au désespoir en sachant qu'il a provoqué le Fourth Impact et que Kaworu, peut-être son seul ami à ce stade, est sur le point de mourir.
Malgré tout, Kaworu affirme que c'est lui qui a été le déclencheur du Fourth Impact, car il est devenu le 13e Ange. Avant de mourir, Kaworu s'excuse auprès de Shinji de ne pas avoir pu lui apporter le bonheur et lui promet qu'ils se reverront. Le collier explose alors, laissant Shinji dans un état quasi-comateux, semblable à celui qu'il avait au début de End of Evangelion.
