En 1961, Norman Scott (né le 12 février 1940), un ancien mannequin, rencontre Thorpe alors qu'il travaille comme garçon d'écurie. Il affirme que Thorpe et lui ont eu une relation sexuelle entre 1961 et 1963, période où les actes homosexuels étaient illégaux en Grande-Bretagne.
Les enquêtes ont conduit à l'inculpation de Thorpe et de trois autres personnes pour conspiration en vue d'assassiner Scott. Au cours de l'enquête, un collectionneur d'armes à feu anciennes, Dennis Meighan, a avoué avoir été engagé par un représentant d'une personne appelée "a Mr Big in the Liberal Party" pour tuer Scott pour 13 500 £. Meighan a par la suite affirmé que ses aveux oraux de 1975 avaient été considérablement raccourcis lorsqu'ils lui ont été proposés à la signature : "J'ai lu la déclaration, qui ne m'a pas rendu service, mais elle a également rendu service à Jeremy Thorpe, car elle le laissait complètement en dehors de tout ça..."
Le résumé du juge a été largement critiqué pour sa partialité, et il a fait la une des journaux lorsqu'il a décrit Scott comme "un escroc, un menteur accompli ... une fraude". Les quatre accusés ont tous été acquittés le 22 juin 1979. Dennis Meighan n'a jamais été appelé à témoigner et est resté silencieux jusqu'en 2014, date à laquelle il a reconnu son implication et a fait des commentaires : "C'était une dissimulation, sans aucun doute, mais cela me convenait bien".
L'affaire Scott a ruiné Thorpe, qui a démissionné de son poste de chef du Parti libéral, et a été battu aux élections générales suivantes en 1979.