La source du Dajabón se trouve dans la montagne du Pico de Gallo, sur le versant nord de la Cordillère centrale. Il traverse la province du Dajabón et fait ensuite partie des limites entre Haïti et la République dominicaine. Son embouchure se trouve dans la baie de Manzanillo, sur l'océan Atlantique.
Son débit (volume d'eau qui traverse une section de la rivière par unité de temps) est de 2,84 mètres cubes par seconde à Don Miguel, un endroit situé à quelques kilomètres au sud de la ville de Dajabón.
La ville de Dajabón est la plus importante ville dominicaine située près du fleuve. Elle coule également à travers la ville de Loma de Cabrera. La ville haïtienne de Ouanaminthe est également proche du fleuve.
L'affluent le plus important est la rivière Capotillo (en Haïti, la rivière Bernard). Il n'y a aucun affluent important dans la partie inférieure.
La rivière Capotillo fait partie de la frontière nord entre Haïti et la République dominicaine jusqu'à ce qu'elle rejoigne la rivière Dajabón entre les villes de Loma de Cabrera et Dajabón. La frontière suit ensuite le cours de la rivière Dajabón.