Les terres autour du lac abritent la tribu Thao. C'est un peuple autochtone. Selon la légende, les chasseurs Thao ont découvert le lac Sun Moon après avoir chassé un cerf. Le cerf les a menés au lac. Ils ont trouvé que le lac était beau et qu'il y avait beaucoup de poissons. Une île au milieu du lac est considérée comme le lieu de culte du peuple Thao.
Autrefois, le lac était appelé lac Candidius. Il a été nommé d'après le missionnaire Georgius Candidius. Le lac a été appelé pour la première fois Lac de la Lune et du Soleil en 1821, dans un livre intitulé Voyages à Shueilishe par Deng Chuan-an. Sous la dynastie Qing, les Chinois ont commencé à se déplacer dans la région du lac Sun Moon. Beaucoup de gens voulaient y ouvrir des restaurants, des hôtels et des magasins.
Lorsque Taïwan était dirigée par le Japon, ils ont apporté de nombreux changements. Les premières centrales électriques ont été construites en 1934. La construction a duré 15 ans et le projet a débuté en 1919. Le chemin de fer de la ligne Jiji a été construit pour aider à la construction des centrales électriques. L'île de Lalu a été rebaptisée "île de Jade". En 1931, les Japonais construisent un grand barrage qui agrandit considérablement le lac. En 1946, le nouveau gouvernement chinois a rebaptisé le lac "île de Kuanghua". Le nom est resté ainsi jusqu'au tremblement de terre de 921 en 1999 qui a endommagé l'île. Après le tremblement de terre, l'île a été rebaptisée "île Lalu". Elle a été rebaptisée parce que le gouvernement taïwanais voulait aider à préserver la culture Thao.
En 1967, un centre culturel autochtone a été créé pour aider à préserver la culture Thao. En 1975, le centre a été ouvert. En 1990, un yacht a été retourné alors qu'il était à l'eau. Il a causé la mort de 57 personnes. Seules 25 personnes ont survécu. En 2012, une photo du lac Sun Moon a été utilisée dans les passeports de la République populaire de Chine. Cela a mis le gouvernement taïwanais en colère, car il affirme que Taïwan et le lac Sun Moon ne font pas partie de la République populaire de Chine.