Le fleuve San Joaquin est l'un des deux principaux fleuves de Californie, aux États-Unis. Avec une longueur de 530 km, c'est le deuxième plus long fleuve de Californie, après le fleuve Sacramento. Il commence à l'ouest des montagnes de la Sierra Nevada et coule vers l'ouest et le nord jusqu'à son extrémité dans la baie de San Francisco, au niveau du delta Sacramento-San Joaquin. Son bassin, d'une superficie d'environ 82 879 kilomètres carrés, contient principalement des terres agricoles. Le fleuve fournit de l'eau potable à plus de 22 millions de citoyens californiens. Ses trois plus grands affluents sont la Merced, la Tuolumne et la Stanislaus.
La rivière était autrefois l'un des écosystèmes fluviaux les plus riches de Californie. Cependant, aujourd'hui, plus de 97 km de la rivière est à sec, sauf en cas d'inondation, car beaucoup d'eau a été prélevée pour l'irrigation. En fait, en aval du Friant Dam, un barrage construit dans les années 1940 sur le fleuve San Joaquin, 95 % du débit du fleuve est à sec. Une grande partie de la rivière est polluée, détruisant la population historique de saumon quinnat, autrefois la plus méridionale des États-Unis. Les pesticides, le sélénium et bien d'autres substances toxiques sont transportés par le San Joaquin dans la baie de San Francisco.
Aujourd'hui, l'un des plus grands projets de l'Ouest américain a été lancé pour restaurer le fleuve San Joaquin. Le 13 septembre 2006, le Conseil de défense des ressources naturelles a signé un accord avec les utilisateurs du barrage de Friant et le ministère américain de l'intérieur. Cet accord vise à restaurer la rivière San Joaquin en aval du barrage, en réduisant la pollution.
