Il était éligible lorsqu'il a pris sa retraite en 1939, et la Baseball Writers' Association of America (BBWAA), qui était alors comme aujourd'hui le principal organe d'élection des joueurs, a choisi de tenir une élection spéciale spécifiquement pour l'élire. (Cela était probablement dû au fait que l'on savait que Gehrig était mourant et que les électeurs voulaient l'élire de son vivant).
Après la mort de Clemente, la BBWAA a fait une exception à la période d'attente de cinq ans pour Clemente. L'exception faite pour Clemente est désormais une règle : un joueur qui meurt en activité ou dans les cinq ans suivant sa retraite devient éligible six mois après son décès (à condition d'avoir joué au moins dix ans dans une ligue majeure de baseball).
Clemente a fait beaucoup de travail caritatif, surtout dans les pays d'Amérique latine ; comme nous l'avons dit plus haut, il est mort lors d'une mission caritative en Amérique latine. Chaque année, le MLB décerne le prix Roberto Clemente. Ce prix est décerné au joueur qui suit le mieux l'exemple de Clemente en matière de travail caritatif.
En 1973, Clemente a reçu la médaille d'or du Congrès et la première médaille présidentielle du citoyen. Le 17 août 1984, le service postal des États-Unis a émis un timbre-poste en l'honneur de Clemente. C'était la veille de ce qui aurait été son 50e anniversaire.