XVIIIe siècle
L'année 1795 marque le début de la République Batavienne. L'un des membres du nouveau gouvernement était Isaac Gogel. Il proposa la création d'un nouveau musée national, comme le Louvre français. Le 19 novembre 1798, le gouvernement a donné son accord pour ce musée.
Le 31 mai 1800, le nouveau musée a ouvert ses portes. Il était d'abord connu sous le nom de Galerie nationale d'art (en néerlandais : Nationale Kunst-Galerij). Il comptait environ 200 peintures et autres objets. Ceux-ci provenaient des collections des municipalités néerlandaises.
XIXe siècle
En 1806, le royaume de Hollande a été fondé par Napoléon Bonaparte. Il a remplacé la République de Batavie. En 1808, le musée est transféré à Amsterdam sur ordre de Louis Bonaparte. Après le déménagement, d'autres peintures ont été ajoutées. Parmi ceux-ci, on trouve La Garde de nuit de Rembrandt.
En 1863, il y a eu un concours pour la conception d'un nouveau bâtiment pour le musée. Aucune des propositions n'a été retenue.
En 1876, un nouveau concours est organisé et cette fois-ci, c'est Pierre Cuypers qui l'emporte. Sa conception était un mélange de gothique et de renaissance. Les travaux du nouveau bâtiment commencent le 1er octobre 1876. Il est inauguré le 13 juillet 1885 [lien mort].
En 1890, un autre bâtiment a été ajouté à une courte distance au sud-ouest du Rijksmuseum. Celui-ci a été construit à partir de morceaux de bâtiments démolis. Il est depuis connu sous le nom de "bâtiment fragmenté". Il est également connu sous le nom d'"aile sud" et porte actuellement (en 2013) le nom d'"aile Philips".
XXe siècle
En 1906, la salle de la Garde de nuit a été reconstruite. D'autres modifications ont été apportées entre les années 1920 et 1950. Dans les années 1960, des salles et des étages supplémentaires ont été construits. D'autres changements et réparations ont été effectués en 1984, 1995-1996 et 2000.
L'aile sud du musée a été réparée en 1996.
21ème siècle
En décembre 2003, le bâtiment principal a été fermé pour réparation. Pendant ces réparations, environ 400 objets pouvaient encore être vus dans l'aile sud. Parmi ces objets, on trouve La Garde de nuit de Rembrandt et d'autres peintures du XVIIe siècle.
Les réparations ont été achevées le 16 juillet 2012. Le 13 avril 2013, le bâtiment principal a été réouvert.