Un intermédiaire de réaction ou simplement intermédiaire est une molécule qui se forme lors d'une réaction chimique. Ce n'est pas le produit final, mais il s'agit de quelque chose qui ressemble plus au produit qu'aux réactifs. Après chaque étape d'un mécanisme de réaction, un intermédiaire est formé.
Les intermédiaires restent généralement un peu dans le coin car ils sont très réactifs. Cependant, il est important de ne pas confondre un intermédiaire avec un état de transition. Ce dernier se trouve à un point d'énergie maximale. Un intermédiaire se trouve au contraire à un point d'énergie minimale, c'est-à-dire qu'il s'agit d'une molécule stable. Les intermédiaires peuvent être isolés d'une réaction si nécessaire.
Par exemple, dans la réaction :
A + B → X → C + D
X est l'intermédiaire. En passant de A + B à X et de X à C + D, la réaction passera par un état de transition.