Un cours d'eau pérenne ou une rivière pérenne est un ruisseau ou une rivière (canal) qui coule toujours en certains endroits tout au long de l'année pendant les années de précipitations normales. Les cours d'eau pérennes sont différents des cours d'eau intermittents, qui cessent normalement de couler pendant des semaines ou des mois chaque année. Ils sont également différents des cours d'eau éphémères qui ne coulent que pendant les heures ou les jours qui suivent la pluie. Au cours des années exceptionnellement sèches, un cours d'eau pérenne peut cesser de couler. En cas de sécheresse, ils peuvent ne pas couler pendant des mois. Les différences entre les cours d'eau pérennes, intermittents et éphémères ne sont pas exactes et peuvent changer si des mesures différentes sont utilisées par différents groupes.
Par temps sec, il peut être impossible de voir l'eau qui coule, ou de voir de l'eau tout court. Dans les cours d'eau à fond de gravier, de sable ou de roche, l'eau peut s'écouler sous ou entre les rochers. En biologie, un cours d'eau coule s'il y a suffisamment d'eau pour soutenir la vie aquatique, y compris les poissons et les amphibiens à respiration branchiale, les insectes benthiques, les crustacés et les mollusques. Ceux-ci peuvent vivre dans un écoulement peu profond sous les rochers ou les rondins. Le débit peut être si faible qu'il ne peut pas être mesuré par les instruments de mesure du débit des cours d'eau.
