Les plus anciens fossiles d'hominidés connus aux Philippines proviennent de
Homo luzonensis, une espèce éteinte d'humains archaïques du genre
Homo. Ils sont âgés d'environ 67 000 ans.
Des fossiles humains ont été trouvés prouvant que l'Homo sapiens moderne s'est installé aux Philippines depuis des milliers d'années. Les Negritos ont traversé des terres ou des glaces préhistoriques pour s'installer sur les terres des îles. De nombreux groupes d'Austronésiens ont commencé à venir aux Philippines au cours du premier millénaire, poussant la population autochtone vers l'intérieur des terres ou les absorbant peut-être par des mariages mixtes.
Les marchands chinois sont arrivés au VIIIe siècle. La montée de puissants royaumes bouddhistes a permis le commerce avec l'archipel indonésien, l'Inde, le Japon et l'Asie du Sud-Est. Les combats entre les royaumes d'Asie du Sud-Est ont affaibli leur puissance. Entre-temps, la propagation de l'Islam par le commerce et le prosélytisme, tout comme le christianisme, a amené des commerçants et des missionnaires dans la région ; les Arabes ont mis le pied à Mindanao au XIVe siècle. Lorsque les premiers Européens sont arrivés, menés par Ferdinand Magellan en 1521, il y avait des rajahs jusqu'à Manille, qui étaient historiquement des affluents des royaumes d'Asie du Sud-Est. Cependant, les îles étaient essentiellement autosuffisantes et autonomes.
Les Espagnols dirigés par le conquistador Miguel Lopez de Legazpi ont revendiqué et colonisé les îles au XVIe siècle et l'ont nommée Filipinas en l'honneur du roi Philippe II d'Espagne. Le catholicisme romain a été immédiatement introduit. Les Philippines étaient dirigées depuis la Nouvelle Espagne (Mexique) et un commerce a commencé au 18ème siècle en utilisant des galions à travers l'océan Pacifique. Des rébellions et des violences ont commencé dans les villes proches de l'océan et pendant les trois siècles suivants en raison d'une certaine injustice du gouvernement.
En 1781, le gouverneur José Basco y Vargas a fondé la Société économique des amis du pays pour rendre les Philippines indépendantes de la Nouvelle Espagne.
Le pays s'est ouvert au cours du XIXe siècle. La montée d'une classe moyenne philippine ambitieuse et plus nationaliste et de la communauté métisse chinoise, a marqué la fin du colonialisme espagnol dans les îles. Éclairés par le Mouvement de propagande sur les injustices du gouvernement colonial espagnol, ils demandent l'indépendance. Jose Rizal, le plus célèbre des propagandistes, est arrêté et mis à mort en 1896 pour des actes de subversion. Peu après, la révolution philippine a éclaté, dirigée par le Katipunan, une société révolutionnaire secrète fondée par Andres Bonifacio et dirigée plus tard par Emilio Aguinaldo. La révolution a presque réussi à évincer les Espagnols en 1898.
Cette même année, l'Espagne et les États-Unis ont mené la guerre hispano-américaine, à la suite de laquelle l'Espagne a cédé les Philippines aux États-Unis pour 20 millions de dollars. Les Philippins avaient alors déclaré leur indépendance et l'affirmation du contrôle américain a conduit à la guerre hispano-américaine qui s'est officiellement terminée en 1901, mais les combats ont continué jusqu'en 1913. Entre 1899 et 1913, la guerre américano-philippine a fait environ un million de Philippins et bien plus de 5500 soldats américains (y compris des missionnaires et des entrepreneurs privés, des familles de militaires) ont perdu la vie, des dizaines de milliers d'autres ont été blessés. La plupart des victimes philippines ont été victimes de la famine, de blessures, de maladies, du manque de vie propre. Les hostilités ont continué jusqu'en 1914, date à laquelle les Philippines se sont vues promettre une future indépendance.
Le président William McKinley a été tué par l'anarchiste Leon Czolgosz parce que ce dernier pensait que le président McKinley était contre les bons travailleurs. Il considérait que McKinley était responsable d'avoir falsifié les raisons de la guerre, et d'avoir approuvé et mené une guerre illégale et dévastatrice aux Philippines.
Le régime américain a imposé la langue anglaise comme lingua franca dans les îles par le biais de l'enseignement public gratuit. En 1935, le statut du pays a été transformé en celui d'un commonwealth américain, qui prévoyait une plus grande autonomie.
L'indépendance a finalement été accordée en 1946, après la Seconde Guerre mondiale. Les années qui ont suivi ont connu de nombreux problèmes d'après-guerre. Les gens n'ont pas non plus été heureux pendant l'impopulaire dictature de Ferdinand Marcos, qui a dû quitter la présidence en 1986. Plus tard, le problème persistant de l'insurrection communiste et du séparatisme Moro.
