Naruto Uzumaki
Le protagoniste éponyme qui est membre de l'équipe 7 et du Jinchuriki de Kurama les Neuf queues, avec l'ambition de devenir Hokage pour gagner le respect des villageois et protéger tout le monde. Au cours de la série, Naruto se révèle être un descendant d'Asura Otsutsuki dont il a hérité les chakras et l'endurance. Il se lie d'amitié avec de nombreux étrangers et Konoha et finit par avoir un impact positif considérable sur leur vie, au point d'acquérir une renommée mondiale. Naruto réalise finalement son rêve de devenir Hokage et de fonder une famille avec Hinata Hyuga et leurs enfants Boruto et Himawari.
Sasuke Uchiha
Le deutéragoniste de la série qui fait partie de l'équipe 7 et qui est un membre survivant du clan Uchiha, un puissant clan ninja descendant d'Indra Otsutsuki connu pour ses yeux de Sharingan. Le seul désir de Sasuke est de venger son clan, ce qui l'incite finalement à se tourner vers la Feuille Cachée une fois qu'il a appris la vérité jusqu'à la quatrième grande guerre des Ninja. Par les événements du Boruto, qui a perdu son bras, Sasuke est devenu un justicier errant qui enquête sur l'influence du clan Otsutsuki sur le monde tout en aidant Konohagakure.
Sakura Haruno
Un des amis de Naruto et une femme membre de l'équipe 7, servant de ninja médecin du groupe après avoir été formé par Tsunade. Sakura s'est d'abord entichée de Sasuke tout en éprouvant du ressentiment envers Naruto, voyant peu à peu ce dernier comme un ami tout en finissant par épouser Sasuke et élever leur fille Sarada.
Kakashi Hatake
Le chef et sensei de l'équipe 7/équipe Kakashi, ancien élève du Minato du père de Naruto et acquérant un sharigan de son coéquipier Obito Uchiha. Après la quatrième grande guerre des Ninja, Kakashi est devenu le sixième Hokage et a dirigé Konoha pendant de nombreuses années avant d'abdiquer en faveur de Naruto
Sai
Un ninja qui prend la place de Sasuke dans la Team Kakashi dans la deuxième partie, capable de donner vie à ses dessins. Initialement élevé pour être un bourdon sans émotion par le superviseur de la Fondation, Danzo Shimura, Sai commence à devenir plus social à mesure que lui, Naruto et Sakura parviennent à un accord. Dans l'épilogue de la série, Sai finit par se marier avec le Yamanaka et par élever son fils Inojin aux côtés de sa femme Ino.
Yamato
Un membre de l'ANBU qui devient un leader secondaire de la Team Kakashi, s'est révélé avoir perdu son identité d'origine suite aux expériences d'Orochimaru sur lui, enfant, pour recréer le style du bois d'Hashirama. Du fait qu'il possède les cellules d'Hashirama, Yamato s'est révélé essentiel pour subjuguer les Neuf queues lorsque Naruto est sur le point d'être consommé par le chakra de la bête à queue.
Le village des feuilles cachées
Iruka Umino
Un instructeur de l'Académie Ninja qui a perdu ses parents à Kurama alors qu'il était enfant, ce qui le met mal à l'aise d'être le professeur de Naruto malgré la décision du Troisième Hokage en raison de leurs origines similaires. Iruka finit par être la première personne à reconnaître Naruto, devenant ainsi une figure paternelle pour le garçon.
Konohamaru Sarutobi
Le petit-fils de Third Hokage qui se tourne vers Naruto comme mentor dans cette quête pour devenir Hokage, en imitant son éthique du travail, sa détermination et ses jutsu signature tels que le Rasengan et le Sexy Jutsu parmi une variété d'autres techniques. Konohamaru insiste cependant sur le fait qu'il ne deviendra Hokage qu'après que Naruto ait été Hokage en premier. Par les événements de l'épilogue de la série, Konohamaru s'est élevé au rang de jonin et est devenu un mentor pour le fils de Naruto, Boruto.
Hinata Hyuga
Un des amis de Naruto et membre du clan Hyuga, un puissant clan ninja descendant de Hamura Otsutsuki connu pour ses yeux de Byakugan. Bien qu'elle soit la fille aînée de la maison principale, la timidité et l'incapacité de Hinata à se défendre ont fait que son père Hiashi l'a reniée et remplacée par sa jeune soeur Hanabi. Hinata a depuis été confiée aux soins de Kurenai Yuhi, devenant son élève de gennin aux côtés de Kiba Inuzaka et Shino Abarame en tant que membres de l'équipe 8. Hinata a aussi progressivement développé des sentiments pour Naruto, dont la détermination l'a inspirée à prendre confiance en elle, avant de lui avouer finalement son amour. Hinata se marie avec Naruto et ils ont deux enfants d'après l'épilogue de la série.
L'équipe Asuma
Auparavant connue sous le nom d'équipe 10, elle est composée du fils du troisième Hokage, Asama Sarutobi, et de ses trois élèves Shikamaru Nara, Ino Yamanaka, le rival de Sakura, et Choji Akimichi. Shikamaru et ses amis sont également les héritiers actuels du surnom "Ino-Shika-Cho", leurs clans étant de proches alliés. Au cours de la deuxième partie, Asuma est tué par Hidan, membre de l'Akatsuki, et Shikamaru venge son mentor alors qu'il devient le chef du groupe. Dans l'épilogue de la série, honorant sa promesse de s'occuper de la fille d'Asuma, Mirai Sarutobi, Shikamaru et ses amis se sont mariés et élèvent leurs enfants Shikadai Nara, Chocho Akimichi et Inojin Yamanaka en tant que prochain groupe "Ino-Shika-Cho".
Team Guy
Une équipe de ninja composée du rival de Kakashi, Might Guy, et de ses trois élèves Rock Lee, le cousin de Hinata, Neja Hyuga, et Tenten. Ils ont un an de plus que l'autre gennin de Hidden Leaf, car Guy voulait attendre un an avant qu'ils puissent passer le test pour progresser dans le rang de ninja et devenir Chunin. A la fin de la série, Neji se sacrifie pour sauver Naruto et Hinata tandis que les dommages circulaires que Guy a subi lors de son ultime attaque l'obligent à prendre une retraite anticipée.
Jiraiya
Le mentor de Naruto et l'un des trois Sannin légendaires, les étudiants du Troisième Hokage qui ont été infâmes pour avoir survécu au Hanzo de la salamandre de la Pluie cachée au cours de la bataille. Il est également connu sous le nom de "Sage crapaud" pour avoir appris le Sage jutsu des Routes du Mont Myobu, s'étant fait dire par l'aîné que son élève deviendrait un sauveur du monde, et aussi "sage pervers" par Naruto pour avoir été l'auteur ouvertement lubrique d'une série de romans d'amour pour adultes à succès. Il a également écrit l'épopée "Tale of the Gutsy Ninja", dont Naruto porte le nom de son protagoniste. Au cours de la première partie, il a pris Naruto comme élève avant de le laisser dans la deuxième partie pour enquêter sur l'Akatsuki et apprendre à le diriger par son ancien élève Nagato. Jiraiya meurt en combattant tout en envoyant un message pour donner une chance à la Feuille Cachée contre Nagato, croyant que Naruto est l'enfant de la prophétie du Crapaud Aîné.
Hokage
Le terme Hokage fait référence au titre du chef du Konohagakure, avec sept au total dans la série dont les portraits sont insérés dans la formation rocheuse qui surplombe le Konohagakure.
- Hashirama Senju, le premier Hokage, est le co-fondateur de Konohagakure et l'ancien chef du clan Senju. Ayant vécu de près la période des États en guerre dans son enfance, Hashirama a voulu mettre fin au conflit et s'est lié d'amitié avec Madara Uchiha avant que les jeunes ne les déclarent ennemis. Hashirama a plus tard convaincu Madara de faire en sorte que leurs clans fassent la paix tout en trouvant Konoha. Hashirama est mort plus tard, étant réanimé deux fois par Orochimaru dans le cadre de la série.
- Tobirama Senju, le second Hokagem est le frère cadet d'Hashirama et le professeur d'Hiruzen Sarutobi. Il a été crédité comme étant le Hokage qui a créé l'infrastructure de la Feuille Cachée ainsi que divers jutsu qui incluent le Shadow Clone Jutsu et le controversé Reanimation Jutsu, qu'il a fini par subir de la part d'Orochimaru.
- Hiruzen Sarutobi, le troisième Hokage, est le premier Hokage présenté dans la série. Tout au long de la série, il agit comme une source de sagesse pour les jeunes générations ; et dès le début, il est l'un des rares personnages à traiter Naruto comme une personne plutôt que comme un jinchuriki. Il est également le mentor du légendaire Sannin, tué par son élève rebelle alors qu'il utilisait le Sceau de la mort de la Faucheuse pour piéger son âme et celle de ses trois prédécesseurs dans l'estomac de la Faucheuse, ainsi qu'une partie de l'âme d'Orochimaru. Pendant la quatrième grande guerre des Ninja, Orochimaru libère l'âme de Hiruzen du Sceau de la mort et le réanime pour que Sasuke puisse confirmer les événements derrière le massacre du clan Uchiha. Il participe ensuite à la bataille contre Obito et Madara aux côtés de l'autre Hokage ressuscité, avant d'être mis au repos après la défaite de Kaguya.
- Minato Namikaze, le quatrième hokage, est le père de Naruto Uzumaki qui est aussi le professeur de Kakashi et l'élève de Jiraiya qui a perfectionné le Jutsu de téléportation du Dieu du Tonnerre volant de Tobirama. Avant le début de la série, après avoir combattu Tobi, Minato siphonne le chakra Yin de Kurama pour affaiblir la bête qui sera scellée dans le corps de Naruto dans un acte sacrificiel afin que seul son fils puisse accéder au chakra yang des Neuf Piles. Réanimé des années plus tard sous le nom de Jinchuriki des Neuf queues par Orochimaru, Minato a retrouvé Naruto et a finalement transféré le chakra yin des Neuf queues à son fils avant de retourner dans l'au-delà.
- Tsunade, la cinquième Hokage, est la Hokage de la plupart de la série, étant une apparition de la troisième Hokage et membre du clan Senju par son grand-père Hashirama qui possède une force surhumaine et utilise une technique de transformation pour maintenir son apparence de jeunesse. Tsunade ne voulait initialement pas s'impliquer dans le Hokage car son jeune frère Nawaki et son petit ami Dan Kato sont morts en poursuivant ce rêve. Mais elle retrouve sa foi après avoir rencontré Naruto Uzumaki et devient Hokage tout en transmettant ses compétences à Sakura et Ino. À la fin de la série, Tsunade prend sa retraite à la fin de la quatrième grande guerre des Ninja et confère le titre d'Hokage à Kakashi.
Danzo Shimura
Un habitant de Hidden Leaf qui est le chef de la Fondation, une organisation secrète qui supervise secrètement la sécurité de leur village ainsi que son objectif personnel de devenir un Hokage. Ayant considéré Hiruzen et ses successeurs comme des faibles d'esprit, l'action de Danzo a provoqué de nombreux événements dont le massacre d'Uchiha, enrôlant Orochimaru pour augmenter sa greffe de bras droit avec de multiples yeux Sharingan et les cellules d'Hashirama. Bien que Danzo ait été nommé candidat intérimaire Sixième Hokage pendant le coma de Tsunade, il finit par être mortellement blessé par Sasuke, sa mort entraînant la dissolution de la Fondation au lendemain de la quatrième grande guerre des Ninja.
Antagonistes
Zabuza Momochi
Un des premiers adversaires de Naruto et ancien membre de Hidden Mist's Seven Swordsmen of the Mist, un groupe de ninja qui utilisent des épées particulièrement grandes dans les combats. Tristement célèbre pour avoir massacré toute sa classe dans le cadre d'un rituel de remise de diplômes, Zabuza possède une grande épée appelée Lame du Bourreau qui peut se réparer en absorbant le fer du sang. Zabuza et son apprenti Haku, un possesseur du Kekkei Genkai de glace, finissent par devenir des ninjas voyous après un coup d'état raté du Quatrième Mizukage et deviennent des assassins mercenaires pour financer une autre tentative sous l'emploi d'un patron du crime nommé Gato. Mais la rencontre avec l'équipe 7, et la trahison de Gato, ont entraîné la mort de Zabuza alors que lui et Haku étaient réanimés par Kabuto pendant la quatrième grande guerre des Ninja.
Orochimaru
Un criminel qui a été le principal méchant de la première partie, l'élève rebelle d'Hiruzen qui avait auparavant rejoint les Akatsuki et s'était associé à Danzo. Le désir d'Orochimaru de devenir immortel afin de pouvoir apprendre tous les justu de l'existence l'a conduit à faire des expériences sur ses compagnons ninja avant de fonder son propre village ninja, le Hidden Sound Village, à la fois comme son laboratoire personnel pour poursuivre son travail et comme une armée personnelle pour détruire Konoha avec. Sa technique d'immortalité consiste à transférer sa conscience entre différents corps hôtes à intervalles de quelques années, son intention d'acquérir le corps de Sasuke Uchiha étant sa motivation principale dans la plupart des séries. Après la fin de la deuxième partie, sous la surveillance de Yamato, Orochimaru renonce à sa guerre personnelle contre le Village des Feuilles Cachées tout en créant Mitsuki.
Kabuto Yakushi
Le bras droit et l'espion d'Orochimaru, suffisamment compétent en ninjutsu médical pour manipuler les cellules. Kabuto était à l'origine un infiltré de la Fondation qui n'avait aucun souvenir de son passé et a été recueilli par Orochimaru lorsque Danzo l'a considéré comme un risque pour la sécurité. Kabuto utilise ses compétences pour rassembler des informations sur différents groupes au nom d'Orochimaru. Après avoir soumis Orochimaru, Kabuto décide de devenir maître de son destin en maîtrisant le Snake Sage jutsu tout en intégrant dans son corps certains des restes d'Orochimaru ainsi que des échantillons d'ADN de Sound Five, Jugo, Suigetsu et Karin. Kabuto perfectionne également le Reanimation Jutsu, forçant une alliance avec Tobi avec Sasuke comme paiement pour ses surfaces. Mais Kabuto finit par être vaincu et réévalue ses choix de vie alors qu'il décide de sauver Sasuke. Au lendemain de la guerre, surveillé par la Feuille Cachée, Kabuto retourne diriger l'orphelinat où il était détenu quand il était enfant avec son frère adoptif Urushi.
Itachi Uchiha
Un ninja rouge Feuille Cachée qui a rejoint les Akatsuki après avoir massacré son clan, ayant été dépeint comme un méchant. Mais après sa mort, Itachi s'est révélé fidèle à la Feuille Cachée et n'a tué sa famille qu'après avoir menacé de tenter un coup d'État sur ordre de Danzo avec l'aide de Tobi. Itachi accepte la tâche à condition que Sasuke soit épargné, ayant prévu de le faire tuer par Sasuke. Itachi maintient sa loyauté envers la Feuille Cachée en espionnant secrètement les Akatsuki, étant associé à Kisame alors qu'il en était membre.
Akatsuki
La principale force antagoniste du second volet de la série Naruto, a été fondée par les étudiants de Jiraiya, Yahiko, Nagato et Konan, en tant que groupe de maintien de la paix dans la Pluie Cachée, avant qu'une tragédie orchestrée par Danzo ne permette à Tobi de la rebaptiser en mercenaires engagés et compromis de ninja voyous. Les Akatsuki, dont Nagato est devenu le chef de file et dont l'objectif est de forcer tout le monde à comprendre la souffrance au nom d'une paix véritable, agissent dans le cadre du projet Tsuki no Me (l'oeil de la lune) de Madara pour nourrir les bêtes à queue de la statue de Gedo et lancer un Tsukiyomi infini pour soumettre toute l'humanité.
- Nagato, principalement connu sous son alias Pain with Madara's eyes implanted on him when he was a child, est la figure de proue des Akatsuki et le partenaire de Konan. La "Douleur" la plus souvent vue dans la série et utilisée est le chemin de Deva, qui est en fait le cadavre de l'ami décédé de Nagato, Yahiko, qui était le leader fondateur des Akatsuki avec eux et Konan étant des orphelins de guerre qui ont appris le ninjutsu de Jiraiya. Après avoir été paralysé à la suite de la mort de Yahiko, Nagato utilise six cadavres modifiés, connus sous le nom de "Six Paths of Pain" (les six chemins de la douleur), comme des mandataires qui utilisent chacun un sixième de leur pleine puissance. Après avoir tué Jiraiya, Nagato a mené une attaque sur la Feuille Cachée avec Naruto qui a vaincu ses Voies et a réussi à restaurer la foi de Nagato dans les enseignements de Jiraiya alors qu'il se sacrifie pour utiliser un jutsu Tobi destiné à la résurrection de Madara. Tobi profane ensuite le lieu de repos de Nagato pour acquérir le Rinnegan, que Madara réclamera plus tard, avec Kabuto réanimant Nagato pour la quatrième grande guerre des Ninja avant d'être scellé par Itachi.
- Konan, la seule femme membre de l'Akatski et amie d'enfance de Nagato. Sous la direction de Jiraiya, Konan a appris à tirer parti de son talent naturel pour l'origami, l'utilisant comme un élément clé de son style de combat. Après la mort de Nagato, Konan retire sa position à Akatsuki et combat ensuite Tobi lorsqu'il vient chercher les yeux de Rinnegan, finalement tué après l'échec de son agression suicidaire.
- Kisame Hoshigaki, un ninja voyou du Hidden Mist Village qui est associé à Itachi Uchiha. Kisame est l'un des sept épéistes de la Brume et utilise une épée vivante à échelle réduite appelée Peau de requin qui absorbe une quantité incalculable de chakras de l'adversaire et la transfère à Kisame pour lui donner une endurance infinie. Il a rejoint l'Akatsuki pour voir un monde sans mensonges. Il s'est ensuite attaqué à l'Abeille Tueuse avant que sa mission ne se transforme en infiltration, avant de se suicider lors de sa capture en envoyant la localisation des djinchurikis à Tobi.
- Sasori, un ninja marionnette de sable caché, connu sous le nom de "Sasori du sable rouge" en raison de son talent pour la fabrication de poison. Élevé par sa grand-mère Chiyo après que ses parents aient été tués par le père de Kakashi, Sakumo Hatake, l'obsession de Sasori de fabriquer des choses qui durent pour toujours lui a permis de développer un moyen de convertir des cadavres humains en marionnettes dont il peut utiliser les capacités dans la vie. Sasoei a quitté son village, enlevant le troisième Kazekage et en a fait son arme principale après avoir lacé son sable de fer avec du poison. Sasori a ensuite converti son propre corps en une marionnette qui cache dans son corps blindé la marionnette Hiruko, devenant ainsi essentiellement mortelle tout en contrôlant des centaines de marionnettes à la fois. Après avoir rejoint l'Akatsuki, Sasori a été jumelé avec Orochimaru puis Deidara pour capturer Gaara afin de lui arracher la queue unique. Mais Sasori finit par être tué, son corps de marionnette utilisé par Kankuro.
- Deidara, un ninja véreux de Hidden Stone qui gagnait sa vie comme terroriste bombardier à gages avec ses explosifs d'argile avant qu'Itachi Uchiha ne le force à rejoindre les Akatsuki. Bien qu'il en soit venu à embrasser l'organisation, s'est associé à Sasori puis à Tobi, Deidara a développé une rancune contre le clan Uchiha en général, car il sent que leurs yeux de Sharingan regardent ses œuvres d'art de haut. Après avoir joué un rôle dans la capture de Gaara et celle des Trois queues, Deidara affronte Sasuke et finit par se faire exploser dans une ultime tentative de tuer son adversaire. Deidera est ensuite réanimé par Kabuto pendant la quatrième grande guerre des Ninja avant d'être vaincu par Kankuro.
- Hidan, un ninja rouge sadomasochiste du Hidden Boiling Water Village qui est armé d'une faux et s'est associé à Kakuzu. En tant que membre d'un culte de la mort connu sous le nom de "Voie de Jashin", Hidan est devenu immortel tout en développant des techniques ritualistes qui lui permettent d'assassiner son adversaire en s'infligeant des blessures mortelles. Hidan est devenu un ennemi de Shikamaru après avoir assassiné Asama, pour finir par être démembré et enterré dans la forêt de la famille Nara.
- Kakuzu, un ninja rouge du village des cascades cachées et partenaire de Hidan. Ayant vécu à l'époque du Premier Hokage, Kakuzu maîtrise un jutsu interdit qui fait que son corps est maintenu par des menaces noires et assimile jusqu'à cinq cœurs pour prolonger sa vie indéfiniment. Alors que la cupidité lui fait servir de trésorier et de chasseur de primes de l'Akatsuki, il tue la majorité de ses partenaires avant d'être associé à l'immortel Hidan. Les cœurs de Kakuzu sont systématiquement détruits lors de son combat contre le ninja de la Feuille Cachée, Kakashi l'achevant après que Naruto ait laissé son dernier cœur au bord de l'échec. Kakuzu est ensuite réanimé pendant la quatrième grande guerre des Ninja avant d'être scellé.
Obito Uchiha
Également connu sous le nom de Tobi, il est le véritable chef des Akatsuki, principal antagoniste de la majeure partie de la deuxième partie. Comme Naruto enfant pendant la troisième grande guerre des Ninja, il a donné son oeil gauche à son coéquipier Kakashi lorsqu'il semblait sur le point de mourir. Malgré sa disparition apparente, Obito a été sauvé par Madara qui a remplacé les parties endommagées de son corps par des prothèses Zetsu tout en le conditionnant à devenir son apprenti, le ninja s'arrangeant pour qu'Obito soit témoin de la mort de Rin Nohara, victime de la guerre, par un Kakashi réticent à lui briser l'esprit. Arrivant à la conclusion qu'il peut utiliser les Bêtes traquées pour détruire la réalité actuelle et créer une utopie, Obito reprend le nom de Madara et manipule les événements qui laissent à la création du courant de l'Akatsuki et de l'attaque des Neuf queues sur le Village des Feuilles Cachées par dépit envers son ancien mentor Minato. Outre le fait qu'il peut utiliser son droit Sharingan pour manipuler Kamui d'une manière qui donne l'impression qu'il est intangible et se téléporte sur de grandes distances, Obito peut utiliser des attaques de type Wood Style car ses prothèses possèdent les cellules d'Hashirama. Après avoir été vaincu et avoir retrouvé sa foi dans le monde, récupérant le Sharingan qu'il avait donné à Kakashi, Obito meurt en protégeant l'équipe 7 de Kaguya et reste parmi les vivants assez longtemps pour aider Kakashi en esprit.
Madara Uchiha
L'un des co-fondateurs du Hidden Leaf Village aux côtés de son ami d'enfance et ennemi mortel Hashirama Senju, les deux se sont révélés être des réincarnations des ancêtres fondateurs de leurs clans, Indra et Asura, avant Sasuke et Naruto. Madara est un cynique vengeur et arrogant qui en voulait aux Senju d'avoir tué ses frères pendant la période des états en guerre. Il a finalement accepté l'offre de paix d'Hashirama avant d'être désillusionné par lui depuis qu'il a réalisé qu'il n'avait pas sa place dans le Village des Feuilles Cachées. Cela a poussé Madara à tenter de détruire la Feuille Cachée avec les Neuf Queues avant d'être vaincu par Hashirama, en simulant sa mort et en utilisant le sang de Hashirama pour réveiller son Rinnegan et invoquer la statue de Gedo pour prolonger sa vie. Madara finit par mourir après avoir fait d'Obito Uchiha son agent, ayant transplanté son Rinnegan à Nagato pour être préservé en vue de sa résurrection prévue. Malgré quelques revers, Madara ressuscite et se rend dans le jinchuriki des Dix queues pour exécuter son plan avant d'être trahi par Black Zetsu et transformé en vaisseau pour Kaguya. Bien qu'il ait été libéré lors de la reprise de Kaguya, l'épreuve a placé un Madara regretté au bord de la mort et meurt en faisant finalement la paix avec Hashirama.
Kaguya Otsutsuki
L'antagoniste central de la série Naruto et membre de la famille principale du clan Otsutsuki, une race de ninja extraterrestre dont les descendants de la branche familiale comprennent les Senju, les Uchiha et les Hyuga. Ayant décidé de protéger le monde plutôt que de s'en nourrir comme sa famille, Kaguya devient une extension de l'Arbre Divin du monde en établissant son idéal de paix mondiale. Mais Kaguya finit par perdre confiance en l'humanité en convertissant certains humains assimilés par l'Arbre Divin en son armée personnelle de Zetsu blancs pour se défendre contre ses proches, ce qui l'amène à affronter ses fils jumeaux mi-humains Hagoromo et Hamura en apprenant qu'ils ont hérité de son chakra. Kaguya a fini par fusionner avec l'Arbre divin et le transformer en Ten-Tails avant d'être scellée dans la lune lorsqu'elle a été capturée par Hagoromo et réduite à la statue de Gedo, qui ressemble à un cadavre, tandis que son chakra extrait est éclaté en neuf bêtes à queue. Mais Kaguya a créé Black Zetsu à la dernière seconde pour orchestrer son retour à travers Indra et le clan Uchiha, Madara Uchiha devenant finalement son vaisseau une fois son but atteint. Mais Naruto et Sasuke, avec l'aide de leur équipe, parviennent à refermer Kaguya avec les bêtes à queue et Madara extraites de son corps.
- Zetsu, le seul membre inhumain de l'Akatsuki qui leur sert d'espion et qui est chargé de se débarrasser des membres décédés de l'Akatsuki ou de ceux que l'organisation ne veut pas retrouver. Zetsu est en fait composé de deux êtres, le premier étant un symbiote semblable à une ombre connu sous le nom de Zetsu noir, créé par Kaguya pour manipuler son petit-fils Indra et ses descendants avant que Madara ne manifeste un Rinnegan pour servir de moyen de libérer Kaguya. Les Zetsu noirs ont fait semblant d'être la construction de Madara tout en étant liés à un Zetsu blanc, l'un des milliers d'anciens humains qui avaient été assimilés dans la statue de Gedo comme des drones soldats ressemblant à des plantes. Après que le Zetsu blanc ait été tué par Sasuke pendant la quatrième grande guerre des Ninja, le Zetsu noir s'est finalement accroché à Obito puis à Madara avant d'être enfermé avec Kaguya.
- Tobi, également connu sous le nom de "Gurguru", est un Zetsu blanc qui a servi d'exosquelette à Obito tout en s'adaptant à son nouveau corps et qui a servi d'inspiration à la création du costume de Tobi d'Obito. Tobi participe à la quatrième grande guerre des Ninja en enfermant Yamato pour accéder à son Wood-Style avant de l'éjecter une fois que Madara réussit à lancer le Tsukiyomi infini. On le voit s'effondrer pour la dernière fois après l'annulation du jutsu, son ancien prisonnier étant le seul témoin de sa mort.
