La région faisait partie de la réserve aborigène d'Australie centrale lorsque la réserve a été créée en 1922. En 1955, cependant, les frontières de la réserve ont été déplacées pour permettre l'exploitation minière et la prospection, principalement de nickel. Des camps miniers ont été installés dans la région autour de ce qui est aujourd'hui Irrunytju. En réponse, des familles autochtones ont déménagé pour s'installer autour de ces camps. Certaines ont trouvé du travail auprès des mineurs et ont été payées en rations alimentaires ; d'autres étaient simplement là pour protéger les lieux d'importance spirituelle des étrangers. Certaines compagnies ont pris des mesures pour s'assurer que leurs mineurs respectaient ces sites ; d'autres ne l'ont pas fait, et plusieurs sites sacrés ont été endommagés pendant cette période. La zone a été réintégrée à la réserve en 1972.
Une fois les mineurs partis, les familles autochtones sont restées et ont construit une installation permanente en utilisant ce qui restait des camps miniers (abris, forages, etc.). La communauté a également reçu de l'argent du gouvernement fédéral pour l'aider à établir une installation permanente. La communauté a été constituée en société en 1976. Elle est devenue membre du Conseil de Ngaanyatjarra en 1981.
Irrunytju est resté sur les terres autochtones depuis 1972. Les activités économiques dans la région sont régies par l'accord d'utilisation des terres autochtones Ngaanyatjarra, conclu en 2006. La communauté maintient de nombreuses activités traditionnelles, telles que la chasse et la cueillette du bush tucker. La communauté possède son propre centre d'art, Irrunytju Arts, depuis 2001.
