En octobre 2013, un mois avant sa sortie, "Happy" a atteint la première place du Top 40 néerlandais aux Pays-Bas, en partie grâce à la diffusion sur les ondes de la station de radio 3FM et aux téléchargements en ligne, ainsi qu'à sa présence dans une publicité de Transavia.
"Happy" a atteint le sommet du classement du US Billboard Hot 100 pour la semaine se terminant le 1er mars 2014. C'est la quatrième chanson avec Pharrell Williams en tête de ce classement, mais c'est la première chanson avec Williams comme chanteur principal à le faire. En mars 2014, plus de 3 millions d'exemplaires de cette chanson ont été vendus aux États-Unis.
Au Royaume-Uni, "Happy" a fait ses débuts en dehors du Top 70 du classement des célibataires britanniques le 1er décembre 2013 et a finalement atteint la première place le 29 décembre. Il s'agit de la troisième chanson de Pharrell Williams à figurer en tête du classement en 2013, ce qui fait de Williams le premier artiste à avoir obtenu trois places de numéro un au Royaume-Uni depuis 2009.
En Australie, "Happy" a atteint la première place du classement ARIA des célibataires le 6 janvier 2014 et a passé 12 semaines non consécutives à cette position.
En Nouvelle-Zélande, "Happy" a atteint la première place du Top 40 des célibataires le 6 janvier 2014 et a passé 15 semaines non consécutives à cette position. Le 28 avril 2014, sa 15e semaine à la première place, il est devenu la chanson qui a passé le plus grand nombre de semaines à la première place dans l'histoire du hit-parade.
Parmi les autres pays dans lesquels "Happy" a atteint la première place du classement national des célibataires, citons l'Allemagne, l'Autriche, la Belgique, la Bulgarie, le Canada, la Croatie, le Danemark, l'Espagne, la France, la Hongrie, l'Irlande, l'Italie, le Liban, le Luxembourg, le Mexique, la Norvège, les Pays-Bas, le Portugal, la République tchèque, la Suisse et le Venezuela.