Les forêts tropicales humides, qui occupaient autrefois une grande partie du nord des Andes, sont aujourd'hui réduites, en particulier dans les vallées du Chocó et les vallées interandines de Colombie. L'agriculture, la déforestation, les cultures illégales et la croissance démographique ont eu un impact sur cette situation.
Les pentes andines les plus sèches de la plupart des régions de l'ouest du Pérou, du Chili et de l'Argentine se trouvent à l'opposé des pentes andines humides. Cette région, ainsi que de nombreuses vallées interandines, présentent normalement une végétation de feuillus, d'arbustes et de plantes à feuilles caduques, jusqu'au désert d'Atacama, pratiquement sans vie.
Environ 30 000 espèces de plantes vasculaires vivent dans les Andes. Environ la moitié d'entre elles sont endémiques à la région : c'est un point chaud. Le petit arbre Cinchona pubescens est une source de quinine utilisée pour traiter la malaria. Il est largement répandu dans les Andes jusqu'en Bolivie. D'autres cultures importantes provenant des Andes sont le tabac et les pommes de terre.
Les forêts et les bois de Polylepis de haute altitude se trouvent dans les Andes de Colombie, d'Équateur, du Pérou, de Bolivie et du Chili. Ces arbres sont appelés Queñua, Yagual et d'autres noms. Ils poussent à des altitudes de 4 500 m au-dessus du niveau de la mer. Il n'est pas encore clair si la répartition inégale de ces forêts et bois est naturelle, ou si elle résulte du défrichement qui a commencé à l'époque des Incas. Quoi qu'il en soit, à l'époque moderne, le défrichement s'est accéléré et les arbres sont aujourd'hui très menacés. Certains pensent qu'il ne reste plus que 10 % de la forêt d'origine.