Lors du recensement de 2000, 49 832 personnes, 21 294 ménages et 15 672 familles vivaient dans le comté. La densité de population était de 103 personnes par mile carré (40/km²). Il y avait 24 452 unités d'habitation à une densité moyenne de 50 par mile carré (19/km²). La composition raciale du comté était la suivante : 87,27 % de Blancs, 8,83 % de Noirs ou d'Afro-Américains, 0,27 % d'Amérindiens, 1,17 % d'Asiatiques, 0,02 % d'insulaires du Pacifique, 0,96 % d'autres races et 1,47 % de personnes de deux races ou plus. 5,09 % de la population était hispanique ou latino, toutes races confondues. 90,1 % parlaient l'anglais, 5,0 % l'espagnol et 1,2 % l'allemand comme langue maternelle.
1,8% de la population s'est identifiée comme étant d'ascendance antillaise non hispanique.
En 2000, il y avait 21 294 ménages dont 21,10 % avaient des enfants de moins de 18 ans vivant avec eux, 62,80 % étaient des couples mariés vivant ensemble, 8,10 % avaient une femme au foyer sans mari présent et 26,40 % n'avaient aucun lien de parenté. 21,60 % de tous les ménages étaient composés de personnes vivant seules et 12,00 % avaient une personne vivant seule âgée de 65 ans ou plus. La taille moyenne des ménages était de 2,32 personnes et la taille moyenne des familles de 2,67 personnes.
Dans le comté, la population était répartie comme suit : 17,90 % de moins de 18 ans, 4,80 % de 18 à 24 ans, 20,30 % de 25 à 44 ans, 28,30 % de 45 à 64 ans et 28,60 % de 65 ans ou plus. L'âge médian était de 50 ans. Pour 100 femmes, il y avait 92,10 hommes. Pour 100 femmes âgées de 18 ans et plus, il y avait 89,90 hommes.
Le revenu médian d'un ménage du comté était de 40 214 $ et celui d'une famille de 45 625 $. Les hommes avaient un revenu médian de 31 184 $ contre 24 865 $ pour les femmes. Le revenu par habitant pour le comté était de 21 879 $. Environ 6,70 % des familles et 8,70 % de la population se trouvaient sous le seuil de pauvreté, dont 15,70 % des moins de 18 ans et 4,40 % des plus de 65 ans.
Le comté de Flagler a été classé par le Bureau américain du recensement comme le comté ayant connu la croissance la plus rapide du pays entre 2000 et 2005, avec une variation de 53,3 %, la population étant estimée à 76 410 habitants au 1er juillet 2005.
