Le SCLC a été créé en 1957, après le succès du boycott des bus de Montgomery par le Mouvement des droits civiques. Le 10 janvier 1957, le Dr Martin Luther King, Jr. a invité une soixantaine de pasteurs et de dirigeants noirs à Atlanta, en Géorgie. Leur objectif, à l'époque, était de mettre fin à la ségrégation dans les bus du sud des États-Unis. Cependant, ils ont convenu qu'ils n'utiliseraient que des moyens non violents pour protester et essayer de faire changer les choses. Leur devise était : "Pas un seul cheveu sur la tête d'une personne blanche ne doit être blessé."
Environ un mois plus tard, le groupe se réunit à nouveau à la Nouvelle-Orléans, en Louisiane. Ils ont décidé que leur objectif serait de mettre fin à la ségrégation partout - et pas seulement dans les bus. Ils ont également choisi le Dr. King comme président, et ont choisi le nom de "Southern Christian Leadership Conference".
Le SCLC a également choisi un groupe de dirigeants appelé le conseil d'administration pour être chargé de prendre les décisions finales et de planifier les stratégies. Au début, certaines églises et organisations de défense des droits civils ont rejoint le SCLC. Cependant, il a été difficile d'obtenir l'adhésion des églises. Des groupes comme le Ku Klux Klan et le Conseil des citoyens blancs ont utilisé la violence et le terrorisme pour attaquer les militants des droits civils. La police a fait de même dans de nombreux États. Certaines églises qui ont rejoint le SCLC, ou qui travaillaient pour les droits civils, ont été bombardées ou incendiées.