Les gens ont vécu à Salzbourg depuis le Nouvel Âge de la pierre jusqu'à nos jours. La plus ancienne découverte dans la région de la ville date d'environ 4500 avant J.-C. A partir de 15 avant J.-C., après l'occupation romaine, la ville a été appelée Iuvavum. La ville romaine était située dans la vieille ville actuelle, autour de la Waagplatz. La ville est devenue un lieu important de l'est jusqu'à la province de Germanie. Les Romains sont partis au début de la migration barbare vers 500. Jusqu'en 696, on ne peut en dire que peu sur l'histoire de la ville. En 696, la ville a été donnée à l'évêque Rupert par le duc Théodose II de Bavière. Rupert a reçu l'ordre du duc d'amener le christianisme à l'est et au sud-est de son pays. Rupert fonda le monastère St. Pierre et pour les femmes le monastère Nonnberg. 739 Salzbourg devient le siège d'un évêque et 774 la première cathédrale est construite. 998 Salzbourg devient archevêché et régit toute la région bavaroise.
Au Moyen Âge, Salzbourg s'est enrichie grâce au commerce du sel de la ville voisine de Dürnberg, à Hallein. Jusqu'au XIVe siècle, Salzbourg est devenue indépendante de la Bavière et était un État du Saint-Empire romain. Les citoyens de Salzbourg étaient sous le commandement de l'archevêque, contrairement aux autres villes de l'empire. C'est à l'époque baroque que l'aspect de la ville actuelle a été façonné. La cathédrale a été reconstruite dans le style baroque. La plupart des architectes sont venus d'Italie. En 1622, une université a été fondée. Comme il s'agissait d'un état catholique, les protestants avaient une position sévère à Salzbourg. Pourtant, en 1731, les protestants, qui ne sont pas revenus à la foi catholique, ont quitté Salzbourg en huit jours.
Au début du XIXe siècle, Napoléon Bonaparte a promu le duché de Salzbourg, qui a ensuite fait partie du royaume de Bavière. Puis, Salzbourg a été annexé par l'Autriche, rendu à la Bavière et divisé entre la Bavière et l'Autriche. 1918 Salzbourg devient un État fédéral de la nouvelle République d'Autriche. En 1938, l'Allemagne a annexé l'Autriche et Salzbourg a fait partie de l'Allemagne. En 1945, lorsque l'Autriche est devenue indépendante de l'Allemagne, Salzbourg est redevenue un État fédéral.
