Le département de Ñeembucú (en espagnol : Departamento de Ñeembucú) est un département du Paraguay. La capitale est la ville de Pilar. Son code ISO 3166-2 est PY-12.

Le département est presque entièrement rural, et on y trouve certaines des ruines jésuites les plus anciennes et les mieux préservées, qui se trouvent près de la ville de Humaitá.