95 % de la ville a été détruite par le tsunami japonais de 2011 qui a suivi le tremblement de terre de 2011 Tōhoku. Seuls les plus hauts bâtiments subsistent et on estime à 9 500 le nombre de personnes disparues, soit environ la moitié de la population. On confirme que 9 700 personnes sont vivantes et ont été évacuées.
La ville disposait de deux centres d'évacuation où les habitants pouvaient se rendre pour échapper à un tsunami. L'un d'eux se trouvait sur le promontoire sud qui surplombe la ville. L'autre était à l'intérieur des terres, loin du centre de la ville. Bien que tous deux se trouvaient à 20 mètres au-dessus du niveau de la mer, le tsunami les a recouverts et a emporté les habitants. Au moins 31 des 80 sites d'évacuation désignés de la ville ont été inondés par le tsunami.
Un premier rapport suggère que de nombreux habitants ont pu être évacués vers la ville voisine de Tome, Miyagi. Selon un professeur d'anglais du lycée local situé sur une colline au-dessus du tsunami, "la ville entière a simplement été balayée. Elle n'existe tout simplement plus. Nous étions environ 7 000 sur la colline ce jour-là. Peut-être quelques milliers à l'école sur la colline d'en face. Mais il y en a 17 000 dans la ville. Tous les autres sont partis." Comme les écoles étaient toutes sur la colline, beaucoup d'enfants sont devenus orphelins. Les survivants ont écrit "SOS" en lettres blanches, sur le terrain de jeu du lycée de Shizugawa.
Lorsque le tremblement de terre a frappé, le maire de la ville, Jin Sato (佐藤仁), s'exprimait lors de l'assemblée municipale. Ils discutaient du tsunami beaucoup plus petit causé par le prélude du 9 mars avant le tremblement de terre du 11 mars. Le bâtiment de trois étages du département de gestion des crises de la ville (防災対策庁舎, Bōsai Taisaku Chōsha) était couvert par le tsunami. Sur les 130 personnes qui travaillaient à la mairie, Sato était l'un des 30 seulement qui ont atteint le toit. Il était l'un des dix survivants. Il est retourné aux affaires gouvernementales, en fondant le siège du contrôle des catastrophes à la Bayside Arena le 13 mars 2011.
L'hôpital de Shizugawa est l'un des rares bâtiments importants qui ont survécu au tsunami. Cependant, il a été partiellement inondé, et 74 des 109 patients sont morts. Près de 200 personnes ont été sauvées du toit du bâtiment.
Miki Endo (远藤未希), une employée de 25 ans du service de gestion des crises de la ville, a continué à diffuser des alertes et des avertissements par le biais d'un système de haut-parleurs communautaire lorsque le tsunami est arrivé. Les gens pensent qu'elle a sauvé de nombreuses vies. Le siège de trois étages du département est resté debout, mais seule la charpente métallique a subsisté. Tout l'intérieur et les murs ont été détruits. Après la catastrophe, Endo a disparu et a été retrouvé mort par la suite. Les photos montrent le toit du bâtiment complètement submergé au plus fort du tsunami. Certaines personnes s'accrochaient à une antenne sur le toit.
Réponse internationale
La ville est le site du premier hôpital de campagne établi par une nation extérieure offrant une assistance après la catastrophe. Une équipe de cinq médecins israéliens a mis en place un cabinet médical. Un groupe de 53 membres du personnel médical du commandement du front intérieur et du corps médical de l'armée israélienne a ouvert un hôpital de campagne près de Minamisanriku le 29 mars. La clinique comprenait des salles de chirurgie, de pédiatrie et de maternité, ainsi qu'une unité de soins intensifs, une pharmacie et un laboratoire, avec 62 tonnes de fournitures médicales. La clinique a commencé à traiter les patients immédiatement.
Le 23 avril 2011, le Premier ministre australien Julia Gillard s'est rendu à Minami Sanriku.
