La planète Krypton est confrontée à une destruction imminente en raison d'un noyau instable, et son conseil de direction est sous la menace du général rebelle Zod et de ses partisans. Le scientifique Jor-El et sa femme Lara-El impriment secrètement un codex génétique dans les cellules de leur fils nouveau-né Kal-El, et le lancent dans un vaisseau spatial vers la Terre pour préserver la race kryptonienne. Après le meurtre de Jor-El par Zod, lui et ses disciples sont bannis dans la Zone Fantôme, mais parviennent à s'échapper lorsque Krypton explose. L'enfant Kal-El atterrit sur Terre à Smallville, dans le Kansas, où il est découvert par le couple Jonathan et Martha Kent, qui l'appellent Clark et l'élèvent comme leur fils adoptif.
La physiologie kryptonienne de Clark lui confère des capacités surhumaines sur Terre. Le jeune Clark apprend progressivement à affiner les capacités qui lui causent initialement confusion et malaise. Jonathan révèle à un adolescent Clark qu'il est un extraterrestre, et lui conseille de ne pas utiliser ses pouvoirs en public, de peur que la société ne le rejette. Après la mort de Jonathan, un Clark adulte passe les années suivantes à vivre une vie nomade, faisant différents boulots sous de faux noms pour couvrir ses traces et cacher son identité. Il finit par découvrir un vaisseau scout kryptonien doté d'une technologie qui lui permet de communiquer avec la conscience de Jor-El sous la forme d'un hologramme. Lois Lane, une journaliste du Daily Planet, lauréate du prix Pulitzer, découvre également le vaisseau alors qu'elle poursuit un reportage, et est secourue par Clark lorsqu'elle est blessée. Le rédacteur en chef de Lois, Perry White, rejette son histoire de sauveteur "surhumain". Elle remonte donc la trace de Clark jusqu'à Smallville dans l'intention d'écrire un article. Après avoir entendu son histoire, elle décide de ne pas révéler son secret.
Détectant le vaisseau éclaireur, Zod se rend sur Terre où il exige que Kal-El se rende à lui, sinon l'humanité en subira les conséquences. Clark accepte de se rendre à l'armée américaine, qui remet Lois et Clark au commandant en second de Zod, Faora. Zod révèle qu'il a l'intention d'utiliser un "moteur mondial" de terraformation pour transformer la Terre en une planète semblable à Krypton, pour éradiquer la population humaine et pour utiliser le codex afin de repeupler la planète avec des Kryptoniens génétiquement modifiés. Après que Clark et Lois se soient échappés du vaisseau, Clark bat Faora et un autre des sbires de Zod à Smallville, convaincant les militaires qu'il est de leur côté. Zod déploie le moteur mondial et lance le terraformage à Metropolis et au-dessus de l'océan Indien.
Clark, désormais surnommé "Superman", arrête le moteur mondial dans l'océan Indien. Les militaires utilisent le vaisseau spatial qui a amené Superman sur Terre lors d'une frappe aérienne pour créer un portail qui renvoie le vaisseau de Zod et son équipage dans la zone fantôme. Seul Zod reste, et lui et Superman s'affrontent. Après une bataille, Superman est forcé de tuer Zod pour sauver un groupe de civils innocents que Zod tente d'assassiner. Superman décide de se fondre dans la société en portant des lunettes, en étant doux et en reprenant son identité de Clark Kent. Il est engagé par White pour travailler comme reporter pour le Daily Planet
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