Le comté de Lyon (abréviation standard : LY) est un comté de l'État américain du Kansas. En 2010, 33 690 personnes y vivaient. Le siège du comté est Emporia. Emporia est également la plus grande ville du comté de Lyon. Le comté a été nommé en l'honneur du général Nathaniel Lyon, qui a été tué lors de la bataille de Wilson's Creek pendant la guerre civile américaine.