L'histoire de Bionicle, qui s'est déroulée de 2001 à 2008, se déroule dans un monde de science-fiction habité principalement par des êtres mi-organiques, mi-machines, dans un monde souterrain, qui existe sous d'énormes dômes. Ce monde (surnommé "l'univers Matoran") et ses races étaient autrefois protégés par un Grand Esprit nommé Mata Nui, jusqu'à ce qu'il soit plongé dans un sommeil éternel par le maléfique Makuta Teridax et la confrérie de Makuta. Le monde des Matoran a commencé à s'effondrer. Mais le masque de vie qui était conservé à l'intérieur de Mata Nui a été envoyé dans l'espace pour trouver une nouvelle planète. Le masque a atterri sur la planète Bara Magna et le masque a créé un petit corps.
L'année 2009 a marqué le début d'une toute nouvelle saga, laissant derrière elle les années précédentes et s'aventurant vers de nouvelles possibilités. En effet, Mata Nui, après avoir été banni par Makuta Teridax, s'écrase sur une mystérieuse planète stérile, appelée Bara Magna. C'est là qu'il devient le centre de l'histoire et se fait de nouveaux alliés alors qu'il tente de trouver un moyen de sauver les Matoran et les Toa du régime tyrannique de Makuta Teridax.
2001 - La quête des masques
L'histoire commence avec six Toa Mata : Tahu, Lewa, Gali, Kopaka, Pohatu et Onua, arrivent sur une île connue sous le nom de Mata Nui et ne se souviennent de rien d'autre que de leur nom. Ils ont découvert que les habitants, les villageois Matoran, font face à des attaques constantes de Rahi infectés, bêtes sauvages contrôlées par la puissante influence de Makuta Teridax grâce à l'utilisation de masques Kanohi infectés, provoquant une guerre qui a duré environ 1000 ans. Après avoir cherché et trouvé de nombreux masques Kanohi, les Toa reçoivent chacun un masque Kanohi doré d'une puissance énorme et recherchent Makuta lui-même. Après avoir défié les féroces crabes Manas et les Shadow Toa (répliques maléfiques et illusoires des Toa), les Toa affrontent Makuta et le vainquent en unissant leurs pouvoirs élémentaires.
2002 - Les essaims de Bohrok
Après sa défaite, Makuta a libéré l'ancien Bohrok. Les Bohrok sont des drones robotisés qui ont été conçus pour "nettoyer" l'île de Mata Nui et la ramener à son état "d'avant l'heure". Les Bohrok ont commencé à déchirer les villages de l'île, forçant Matoran à s'enfuir. Un Matoran de la Terre inventif, Nuparu, construit un puissant véhicule appelé le Boxor, fabriqué à partir de parties d'un Bohrok endommagé afin de combattre les essaims. Les Toa, ignorant le but des Bohrok, collectent les Krana des Bohrok (des créatures ressemblant à des masques qui fonctionnent comme leur cerveau) pour affronter les reines des Bohrok, les Bahrag : Cahdok et Gahdok. Les Cahdok et Gahdok vaincus sont enfermés dans une prison créée par les pouvoirs élémentaires des Toa. Les Toa Mata sont ensuite exposés à une substance appelée Protoderme Énergétique, qui les transforme, leur conférant une nouvelle armure et de nouvelles armes. Ils se rebaptisent alors "Toa Nuva".
2003 - La grève Bohrok-Kal et le masque de lumière
Après la défaite de Cahdok et Gahdok, les essaims de Bohrok sont arrêtés et retournent à leurs ruches. Cependant, six nouveaux Bohrok d'élite, appelés les Bohrok-Kal, apparaissent dans le but de libérer le Bahrag. Ils ont alors entrepris de voler les pouvoirs du Toa Nuva, qui sont la clé pour briser le sceau. Au bord de la défaite, les Toa forcent tous leurs pouvoirs dans le Bohrok-Kal, les surchargeant et les vainquant.
Peu après, deux Matoran, Takua et Jaller, ont découvert le masque de lumière Kanohi. Ils ont été chargés de traverser l'île de Mata Nui pour trouver le Toa de la lumière. Pendant ce temps, Makuta a créé et envoyé six créatures appelées Rahkshi pour trouver le masque et empêcher l'arrivée du Toa de la lumière. Les Rahkshi ont traversé Mata Nui, détruisant les villages de Ta-Koro et Onu-Koro. Les Rahkshi ont été arrêtés par les Toa, mais pas avant d'avoir tué Jaller. La mort de Jaller a fait prendre conscience à Takua qu'il était le Toa de la lumière, et il a revêtu le masque pour devenir le Toa Takanuva. Takanuva alla affronter Makuta et, pendant leur combat, ils tombèrent tous les deux dans un bassin de protoderme énergisé, une substance argentée ayant le pouvoir de changer ou de détruire un être, et se fondirent en l'être Takutanuva. Takutanuva a ensuite ouvert la porte de la ville de Metru Nui, permettant aux Matoran et aux Toa de passer. Utilisant une partie de son énergie vitale, il a fait revivre Jaller tout en maintenant la porte ouverte. Cependant, l'utilisation de l'énergie était trop importante et Takutanuva fut écrasé par la porte, semblant tuer à la fois Takanuva et Teridax, ne laissant que le Masque de lumière de Takanuva. Takanuva fut rapidement ranimé lorsque son masque fut utilisé pour activer la balise de Metru Nui. Ensuite, le Matoran s'est préparé à retourner à la ville insulaire de Metru Nui.
2004 - Légendes de Metru Nui
Alors que les Matoran se préparaient à se rendre à Metru Nui, les Turaga (les anciens du village) ont révélé qu'ils avaient été autrefois Toa, combattant à Metru Nui contre des menaces telles que la créature végétale de Morbuzakh et les escouades de répression Vahki contrôlées par Dume. En tant que Matoran, ils ont été transformés en Toa Metru par les pierres Toa contenant le pouvoir sacrifié par Toa Lhikan. Leur mission était de trouver les six Grands Disques et de vaincre le Morbuzakh, une plante qui menaçait de détruire la ville. Mais quand ils l'ont fait, ils ont été trahis par Dume, le Turaga de la ville. Plus tard, ils ont découvert que Makuta Teridax avait pris le déguisement de Dume et avait pris le contrôle des Vahki (robots des forces de l'ordre). Son plan était d'endormir les Matoran, d'effacer leurs souvenirs et de les réveiller "comme leur conquérant". Les Toa ont fui, mais ont été attaqués par Teridax. En combinant leurs pouvoirs élémentaires, ils ont réussi à enfermer Teridax dans une prison de protoderme cristallisé. Les Toa se sont rendus sur une nouvelle île, qui sera plus tard connue sous le nom de Mata Nui, et ont juré de revenir pour sauver les Matoran.
2005 - La toile des ombres
Ils reviennent. Cependant, le maléfique roi Sidorak et son vice-roi Roodaka régnaient sur l'île, avec de vicieuses créatures ressemblant à des araignées appelées Visorak. Les Toa ont rapidement été capturés et ont muté en Toa Hordika bestial. Pour revenir à la normale, les Toa se sont mis à la recherche du légendaire Rahi Keetongu. Toa Vakama, cependant, trahit l'autre Toa et rejoint Sidorak, qui fait de lui le chef du Visorak. L'autre Toa affronta la horde de Visorak dans une grande bataille, et convainquit Vakama de les rejoindre. Vakama ordonna alors au Visorak d'être libre. Keetongu a ensuite tué Sidorak, que Roodaka et Vakama ont trahi. Les six Toa ont ensuite vaincu Roodaka avec leurs six pouvoirs élémentaires. Cependant, cela a eu pour effet secondaire de libérer Makuta car Roodaka portait un fragment de sa prison. C'est pour cette raison que les Toa l'ont frappée. Après avoir été restauré par Keetongu, le Toa Metru a amené le Matoran sur une nouvelle île. Lorsqu'ils ont sacrifié leur pouvoir pour réveiller le Matoran, ils sont devenus Turaga, et ont ensuite établi de nouveaux villages sur cette île appelée Mata Nui.
2006 - L'île du destin
Les Toa Nuva ont appris que Mata Nui était non seulement endormi mais mourant. Pour le sauver, ils doivent se rendre sur l'île de Voya Nui et chercher le mystérieux Kanohi Ignika, le masque de la vie. Les Toa Nuva se lancent dans cette aventure mais sont rapidement faits prisonniers par six nouveaux et puissants ennemis, les Piraka : Zaktann, Hakann, Vezok, Thok, Reidak et Avak. Ils ont cherché le masque pour leurs propres fins obscures. Lorsque le Toa ne revint pas, un groupe de six Matoran les suivit. Jaller, Hahli, Hewkii, Nuparu, Kongu et Matoro s'échappèrent vers l'île dans des bidons de Toa, mais au cours de leur voyage, des éclairs de l'étoile rouge les transformèrent en Toa Inika. À leur arrivée, ils apprennent l'existence de la Piraka et comment ils ont asservi les Matoro locaux en se faisant passer pour de faux Toa, afin que les Matoro leur construisent une forteresse. Avec l'aide d'une petite résistance Matoran et de l'ancien gardien Axonn, les Toa Inika ont pu libérer le Toa Nuva, trouver le temple du masque et combattre la Piraka ainsi que les autres créatures qui la gardaient. Ils sont finalement sortis victorieux avec les Kanohi. Mais le Masque de la Vie possédait une volonté propre, et au dernier moment, il leur échappe tous, se précipitant dans les profondeurs de la mer.
2007 - Mer des Ténèbres
Après la poursuite du Masque de vie, le Toa Inika est descendu dans les eaux après avoir reçu l'indice mystérieux "sauver la ville engloutie" d'un Matoran inconnu, qui avait sauvé Hahli de la noyade au prix de sa mort due au mal de décompression[14]. Ils ont découvert un village habité de Mahri Nui qui s'était séparé de Voya Nui et qui avait sombré il y a mille ans. Le village était menacé par d'anciens seigneurs de la guerre connus sous le nom de Barraki qui avaient été mutés par les eaux mutagènes voisines appelées "The Pit". Le Toa, aujourd'hui connu sous le nom de Toa Mahri, a affronté le Barraki pour survivre. Cependant, le temps que les Toa récupèrent le masque, le Grand Esprit est mort. Réalisant qu'il y avait encore de l'espoir, le Toa Matoro s'est précipité au cœur de l'univers et a sacrifié sa vie pour faire revivre le Mata Nui. Dans les derniers moments de sa vie, Toa Matoro a utilisé le pouvoir du masque pour téléporter les Toa Mahri vers Metru Nui et leur permettre de respirer à nouveau de l'air. La vie du Grand Esprit a été sauvée, mais il fallait encore le réveiller.
2008 - La bataille finale
Après avoir reçu de nouvelles armures et de nouvelles armes d'Artakha, les Toa Nuva sont arrivés à Karda Nui, le noyau de l'univers. Là, ils se sont retrouvés face aux Makuta qui essayaient de transformer la population d'Av-Matoran - Matoran de la lumière - en Shadow Matoran. Les Toa Nuva ont été aidés par l'arrivée de Takanuva, maintenant capable de contrôler la Lumière et l'Ombre grâce à une attaque de sangsues de l'ombre, et de Toa Ignika, qui est le Masque de la Vie lui-même. Le Kanohi Ignika s'était fait un corps parce qu'il voulait voir ce que c'était que d'être un être vivant. Avec leurs forces combinées, ils ont atteint une structure au centre de Karda Nui appelée le Codrex, où Toa Ignika a dû sacrifier son nouveau corps pour réveiller Mata Nui. Takanuva, avec l'aide de l'Av-Matoran non corrompu restant, ramena les Shadow Matoran à leur état précédent. Peu de temps après, les Toa se sont échappés du noyau avant que la tempête d'énergie provoquée par le réveil de Mata Nui ne puisse les détruire. Les Makuta, cependant, ne parvinrent pas à s'échapper et furent tous tués. De retour à Metru Nui, le réveil de Mata Nui a été célébré, mais la célébration a été écourtée lorsqu'il a été révélé que Teridax s'était emparé du corps de Mata Nui, révélé comme étant l'univers des Matoran. Piégant l'esprit de Mata Nui dans le Masque de la vie, il l'a envoyé voler dans l'espace afin que l'ancien Grand Esprit ne puisse pas interférer avec son contrôle sur l'univers.
2009 - La légende renaît
L'histoire de Bionicle se poursuit après que Mata Nui ait été banni de son corps par Makuta Teridax, sur une planète appelée Bara Magna. À l'exception de quelques espèces sauvages, Bara Magna est une planète désertique et stérile qui ne possède que peu de ressources. Chaque tribu de la planète a donc quelques guerriers, appelés Glatorian, pour se battre pour eux. Ces ressources, telles que la nourriture et l'eau, sont distribuées en conséquence. Les villageois de ce monde sont connus sous le nom d'Agori. Les Agori forment ensemble six tribus différentes, chacune affiliée à une région. Après que le Masque de vie ait atterri sur Bara Magna, il crée un corps que les Mata Nui peuvent utiliser. Mata Nui fait alors équipe avec quelques Glatorian pour vaincre les forces combinées des Skrall et des Chasseurs d'os, deux menaces majeures pour les villages, et cherche un moyen de retrouver son corps. Avec l'aide de ses nouveaux amis Glatorian et Agori, il démasque un traître connu sous le nom de Metus et vainc les Skrall et les chasseurs d'os. Il aide les villages du monde à s'unir, en prenant toutes les pièces géantes du robot et en les reliant en un grand prototype de corps robotique, un corps comme celui dans lequel réside l'univers Matoran.
2010 - Fin du voyage
Après avoir vaincu les Skrall et vu le reste des villages s'unir, Mata Nui relève le défi de reprendre son ancien corps à Teridax. Il apprend qu'il a été créé par les Grands Êtres sur la planète Spherus Magna, qui est maintenant divisée en une lune de jungle (Bota Magna), une lune d'océan (Aqua Magna) et la dernière planète désertique (Bara Magna), à la suite de la Guerre du Noyau. Mata Nui apprend également qu'avant sa construction, il y avait un précédent robot, que les Agori utilisent comme domicile. Un Agori de Tesara nommé Tarduk aide Mata Nui en lui montrant une ancienne source d'énergie qui pourrait alimenter le vieux robot.
Dans ce dernier voyage, deux héros reviennent pour terminer le combat : Tahu, revenu à sa forme d'origine pour porter la puissante Armure d'or, et Takanuva. Ils sont aidés par Gresh. Ils combattent le seigneur de guerre Skakdi, Nektann, pour vaincre Makuta et son armée, les hordes de Rahkshi, armées d'une vision thermique, et Skrall.
L'histoire se poursuit alors que les forces de l'univers Matoran et de Glatorian font face à l'assaut imminent de Skakdi, Rahkshi et Skrall. L'armure dorée, dispersée par l'explosion de Makuta, est récupérée par Tahu, Gresh et Takanuva auprès des nombreux ennemis. Tahu vainc le seigneur de guerre Skakdi Nektann, et revêt ensuite l'armure, qui incinère tous les Rahkshi Kraata sur Bara Magna.
Teridax prétend qu'il détruira Bara Magna avec de l'énergie gravitationnelle, jusqu'à ce que Mata Nui lui force le bras vers le haut, ce qui fait que Teridax envoie la vague d'énergie vers les lunes au-dessus. Mata Nui repousse Teridax dans l'une des lunes qui s'écrasent, la lune verte de Bota Magna, dont l'impact détruit son processeur central, ce qui tue Teridax. Mata Nui pleure alors le frère qu'il aurait pu avoir, dans son esprit.
Le final se termine lorsque Mata Nui utilise sa force, et le pouvoir du Masque de la vie, pour réunir à nouveau Spherus Magna, pour guérir ceux qui ont été mutés par Pit Mutagen, pour ramener la vie sur la planète, et pour reconstruire les caractéristiques géographiques détruites. La contrainte provoque la dissipation de son noyau de puissance, détruisant le prototype du robot. Lorsque les Glatorian et les Toa découvrent l'Ignika indemne à l'endroit où se trouvait Mata Nui, ce dernier leur parle de l'intérieur du Masque de la vie. Il leur dit que l'avenir leur appartient et qu'il leur appartient de le construire. Il reste ensuite en sommeil dans l'Ignika. Les Agori, Matoran, Toa, Glatorian et tous les autres commencent une nouvelle vie sur Spherus Magna.
L'avenir de Bionicle
La ligne de jouets Bionicle a pris fin à la fin de 2009, après que les sets de 2010 aient été finalisés pour la sortie, et a été remplacée à l'été 2010 par Hero Factory, un thème Lego compatible avec les sets Bionicle. Mais malgré cela, l'histoire se poursuit dans des séries écrites par Greg Farshtey en ligne sur BIONICLEstory.com.
