Big Boss est un personnage récurrent dans la série de jeux vidéo Metal Gear, qui joue le rôle d'un héros ou d'un méchant. C'est lui qui a donné les gènes pour faire trois clones de lui-même, Solid Snake, Liquid Snake et Solidus Snake. D'une certaine manière, cela fait de lui leur père. Il a commencé comme soldat pour l'équipe des forces spéciales de la CIA, la FOX Unit. Plus tard, il crée et dirige lui-même une équipe de forces spéciales, FOXHOUND.
Dans Metal Gear Solid 3, le Big Boss sauve sans succès le scientifique Sokolov, car son mentor, le Boss, change de camp, passant des Etats-Unis à l'Union Soviétique. Au début, il n'a pas compris pourquoi. Plus tard, on lui explique que le gouvernement lui a ordonné de changer de camp, parce qu'elle était le seul soldat que Volgin respecterait et en qui elle aurait suffisamment confiance pour conserver l'héritage des Philosphères pendant la Seconde Guerre mondiale. La patronne retrouve plus tard son ancienne équipe de soldats, l'unité Cobra. Elle savait que le Big Boss, qui s'appelait Naked Snake dans le jeu, devrait la tuer dans le cadre de sa mission, mais elle voulait lui transmettre son objectif pour qu'il l'accomplisse. Après avoir découvert la vraie raison de la mort du Boss, il perd son patriotisme et veut unir le monde sous un seul gouvernement. Ceci afin que les gouvernements du monde ne menacent pas de se détruire mutuellement avec des armes nucléaires. Le gouvernement lui donne un nouveau nom de code, Big Boss. Il n'aime pas ce nom de code, car il lui rappelle qu'il lui a été donné pour avoir tué le Patron. Elle était l'une des seules dont il se souciait vraiment.
Dans Metal Gear 1 & 2, le Big Boss tente d'utiliser Metal Gear pour détruire les gouvernements du monde, mais l'agent Solid Snake de FOXHOUND (qui est aussi un des clones du Big Boss) le détruit et l'arrête.