L'histoire se déroule à bord du cuirassé HMS Indomptable en 1797 pendant les guerres révolutionnaires françaises. Il y a un court prologue au début, et un épilogue à la fin, pendant lequel l'ancien capitaine repense à l'histoire qui s'est déroulée de nombreuses années auparavant. Le reste de l'opéra raconte cette histoire.
Prologue
Le capitaine Vere, un vieil homme, repense à sa vie et à son temps dans la marine. Il pense à ce qui est arrivé à Billy Budd quelques années auparavant, et il se sent triste parce qu'il n'a pas pu le sauver.
Acte 1
L'équipage de l'Indomptable travaille sur le pont. Un nouvel homme y travaille (le novice). Il glisse et heurte un officier. Le novice est cruellement fouetté (battu) pour cela. Au même moment, un autre membre de l'équipage arrive avec trois nouveaux jeunes hommes qui ont été pressés (forcés) de venir travailler sur le navire. L'un de ces trois hommes est Billy Budd.
Billy Budd est très heureux de son nouveau travail. Il se rend compte de la cruauté avec laquelle il va être traité. L'homme en charge de l'équipage est Claggart. C'est le maître d'armes, et il est très cruel. Il dit qu'il pense que Billy Budd est un bon jeune homme, bien qu'il ait un bégaiement. Billy dit joyeusement au revoir au navire sur lequel il travaillait, appelé Rights of Man. Il ne voit pas l'ironie dans le nom de ce navire (là, il avait au moins quelques droits, mais maintenant il doit être maltraité. Le mot "indomptable" signifie : "quelque chose qui ne peut être vaincu"). Claggart n'aime pas l'attitude de Billy, et dit à Squeak de le surveiller attentivement.
Le novice revient de sa flagellation. Il souffre tellement qu'il ne peut plus marcher. Billy est choqué, mais pense qu'il ne sera pas lui-même traité comme ça tant qu'il obéira aux règles du navire.
Dansker dit aux nouveaux hommes que le surnom du capitaine Vere est "Starry Vere". Billy pense qu'il doit être un homme bon et lui jure fidélité, bien qu'il ne l'ait pas encore vu. Dans la version en quatre actes, le Capitaine Vere monte sur le pont et encourage les hommes à bien se comporter au combat.
Acte 2
Dans sa cabine, le capitaine Vere parle de la révolution française avec ses officiers. Ils parlent des mutants qui se sont produits dans la marine britannique. Les officiers disent que Billy pourrait causer des problèmes, mais Vere pense que ses hommes sont tous bons.
Lorsque Billy trouve Squeak en train de fouiller dans ses affaires, il se met en colère et son bégaiement s'aggrave. Il met Squeak à terre. Claggart semble être du côté de Billy, donc il n'est pas puni. Cependant, Claggart veut être méchant avec Billy. Il donne de l'argent au novice et lui dit qu'il devrait persuader Billy de se mutiner et qu'il devrait lui donner l'argent comme pot-de-vin. Le novice n'ose pas refuser. Billy refuse le pot-de-vin et pense qu'il sera récompensé, mais Dansker l'avertit que Claggart est dangereux. Billy est trop naïf pour comprendre ce que dit Dansker. Ils chantent un duo dans lequel Billy chante à quel point la vie est merveilleuse sur le bateau, et Dansker essaie de mettre Billy en garde contre Claggart : "Jemmy-legs est à terre".
Acte 3
Claggart commence à dire à Vere que Billy pourrait causer des ennuis, mais il est interrompu lorsqu'un navire français est aperçu. L'Indomptable attaque, mais perd de vue l'ennemi dans le brouillard. Claggart revient, et dit à Vere que Billy représente une menace de mutinerie. Vere ne le croit pas et envoie chercher Billy pour que Claggart lui parle.
Plus tard, dans la cabine de Vere, Claggart répète la fausse accusation en présence de Billy. Une fois de plus, Billy se met à bégayer parce qu'il est très en colère. Incapable de parler, il frappe Claggart et le tue. Le capitaine doit réunir les officiers. Ils décident que Billy est coupable et le condamnent à être pendu. Billy supplie Vere de le sauver, et les officiers lui demandent ce qu'ils doivent faire, mais Vere reste silencieux. Il se rend dans la cabine où Billy est détenu. La musique suggère que le capitaine est en train de parler à Billy de sa condamnation à mort.
Acte 4
Dansker apporte un verre à Billy. Il lui dit que l'équipage est prêt à se mutiner pour son bien, mais Billy accepte son sort. Au petit matin, l'équipage se rassemble sur le pont et Billy est exécuté. Juste avant de mourir, il loue Vere en chantant : "Starry Vere, Dieu te bénisse !", et le reste de l'équipage fait écho à ses paroles.
Epilogue
Vere, en vieil homme, se souvient de l'enterrement de Billy en mer. Il pense à la façon dont le jeune homme l'avait béni en mourant, et il se rend compte que c'était de la vraie bonté. Vere est maintenant en paix avec lui-même. L'orchestre cesse de jouer et la voix de Vere se fait entendre alors que les lumières s'éteignent.
