La source du Yaque del Norte se trouve à une altitude de 2 580 m, sur le Pico del Yaque, dans la partie centrale de la Cordillère centrale.
Mais à cet endroit, la rivière est appelée Los Guanos ou Río de la Derecha ("rivière à droite"). Le nom Yaque del Norte n'est utilisé que lorsque cette petite rivière rejoint une autre petite rivière, Los Tablones ou Río de la Izquierda ("rivière à gauche") à Manabao, à l'ouest de Jarabacoa, à une altitude de 900 m.
De Manabao, le fleuve coule vers l'est, en traversant la partie nord-ouest de la province de La Vega. Lorsqu'il arrive à Jarabacoa, il tourne vers le nord, vers le Santiago. Le fleuve Jimenoa, le seul affluent droit important du Yaque del Norte, le rejoint à Jarabacoa.
À Santiago de los Caballeros, la rivière tourne au nord-ouest et coule par la vallée du Yaque del Norte, la partie occidentale de la vallée du Cibao.
Son embouchure se trouve sur la baie de Montecristi, juste au sud de la ville de San Fernando de Monte Cristi, sur l'océan Atlantique.
Ses plus importants affluents de gauche sont les rivières Bao, Ámina, Mao et Guayubín.