Fiver, un lapin qui a le don de voir l'avenir, vivant à Sandleford Warren, voit sa maison détruite par un promoteur immobilier dans le futur. Il convainc son frère, Hazel, de parler au Grand Lapin, Threarah, de quitter les Warren, mais le Grand Lapin n'a pas l'intention de partir. Hazel, Fiver et neuf autres lapins partent alors à la recherche d'une nouvelle maison (à l'époque, simplement parce que Fiver rêvait d'une bonne maison au loin).
Ils voyagent à travers les forêts, les champs, les rivières et les routes remplies de hrududu (voitures) avant que la fatigue ne les oblige à s'arrêter devant un guêpier dirigé par un lapin nommé Cowslip. Après de longs débats, les lapins acceptent de rester à la ferme Cowslips. Cependant, le garenne se sent mal à l'aise (surtout Fiver) à cause des étranges coutumes de l'autre lapin.
Ils découvrent rapidement que les étranges actions des lapins de Cowslip sont dues au fait qu'ils sont simplement nourris et soignés par un fermier qui les tue, un par un, pour se nourrir. Ils quittent le parc de Cowslip, bien que Bigwig ait failli mourir en chemin.
Ils continuent jusqu'à ce qu'ils arrivent au site de Watership Down, une haute colline éloignée de l'homme et pleine de bonne nourriture et de sécurité. Après un jour ou deux sur la bonne terre que Fiver leur avait promise, Hazel est nommée le lapin en chef officieux de Watership Down. Cependant, Hazel se rend compte qu'il n'y a pas de lapines parmi eux, et qu'ils ne peuvent pas avoir un troupeau de lapins en bonne santé sans lapins.
Hazel sauve plus tard une grosse mouette nommée Kehaar, qui a été blessée par un chat. Après avoir soigné Kehaar, Keharr accepte d'aider les lapins pour le moment en échange de leur gentillesse envers lui. Après avoir été invité par Hazel à quitter la région, Kehaar trouve un grand guilleret appelé Efrafa au sud de leur position. Après avoir entendu dire qu'Efrafa est grand et trop peuplé, Hazel envoie quatre lapins à Efrafa pour demander s'ils peuvent rapporter des déjections à leur garenne.
Cependant, Efrafa, étant un grand guerrier avec trop de lapins, est étroitement contrôlé par un lapin nommé Général Woundwort et son importante armée. Chaque lapin est informé de l'heure à laquelle il est autorisé à manger, dormir et autres. Rien ne se passe sans l'accord du général, y compris le fait de laisser le lapin. Les quatre lapins s'enfuient à peine après avoir joué un tour à un capitaine d'Efrafan.
Alors que les quatre lapins sont à Efrafa, Hazel dirige un petit groupe chargé d'examiner le rapport de Kehaar selon lequel il existe une ferme avec quelques lapins en cage, dont des lapins d'eau douce. Après quelques raids, les lapins Watership sortent quelques lapins en cage de la ferme, mais Hazel est abattue en sortant. Fiver a cependant une vision de l'endroit où se trouve Hazel, et Hazel est retrouvée et remise en bonne santé.
Apprenant à présent comment va Efrafa, Hazel, affaiblie, décide de libérer les lapins d'Efrafa. Tous les lapins Watership voyagent prudemment jusqu'aux bords d'Efrafa. Prétendant être un lapin errant et solitaire, Bigwig s'infiltre dans Efrafa en tant qu'officier de leur Owsla. En secret, cependant, Bigwig aide à obtenir des lapins pour aider à l'évasion. Il rencontre Hyzenthlay et Thethunninnang, deux do qui lui disent que, s'il a un plan de travail, eux et quelques autres lapins vont tenter l'évasion avec lui.
Après avoir failli devoir combattre le général Woundwort, Bigwig et les do s'échappent d'Efrafa avec l'aide de Kehaar. Bien sûr, cette évasion est remarquée par les gardes, et bientôt le général lui-même et sa petite armée rattrapent Bigwig et les lapins en fuite. Ils ne s'échappent que parce que Kehaar attaque Woundwort. Woundwort continue de poursuivre les lapins jusqu'à un ruisseau, et les lapins s'échappent sur un petit bateau. Deux d'entre eux meurent sur le chemin de Watership Down, mais la plupart des lapins s'en sortent sans encombre.
Les lapins sont heureux de voir les nouveaux lapins. Cependant, une souris des champs avertit les lapins que le général Woundwort et une petite équipe d'attaque arrivent. Le général attaque alors les warren dans la nuit, alors que les lapins des Watership se dirigent vers leurs terriers les plus profonds, bloquant les tunnels pour tenter de retenir les Efrafans.
Pendant qu'il est dans un terrier, Fiver s'évanouit car trop de visions lui viennent à la fois. Pendant ce temps, Hazel, a une vision sur la façon d'arrêter les Efrafans. Hazel dit à Bigwig de rester là et de se battre et il sort Blackberry et Dandelion du terrier. Le plan d'Hazel est d'utiliser le chien de la ferme Nuthanger toute proche pour vaincre les Efrafans.
Le plan d'Hazel fonctionne, mais Bigwig et Hazel en pâtissent. Le général Woundwort disparaît, on ne le reverra plus jamais. Le capitaine Campion et les autres attaquants retournent à Efrafa, où Campion devient le chef lapin.
Hazel vit une longue vie en tant que lapin en chef de Watership Down, tandis que son warren se porte bien et est pacifique. Fiver se rétablit et Bigwig devient le capitaine respecté de la garde.
