Chris Martin, le chanteur de Coldplay, a déclaré que l'inspiration pour écrire "Trouble" venait de son propre comportement. Martin a dit qu'il y avait "quelques mauvaises choses dans notre groupe ... la chanson parle de se comporter mal envers quelqu'un que l'on aime vraiment et c'est certainement ce que je faisais à certains membres du groupe". Les quatre membres de Coldplay sont crédités comme les co-auteurs de "Trouble". Mais, elle était basée sur l'idée de Martin.
Le producteur de disques britannique Ken Nelson et le groupe ont produit "Trouble" pour leur premier album, Parachutes. La chanson a été enregistrée quatre fois avant que le groupe n'obtienne l'enregistrement qu'il préférait. Le groupe a décidé que les trois premières versions ne "marchaient" pas. La dernière prise a été enregistrée dans Pro Tools avec un shaker. Cela a été fait pour donner le rythme au morceau. Pour le backing track, Will Champion a joué de la batterie et Martin du piano. L'enregistrement a été fait dans une petite pièce en bois. Guy Berryman a enregistré la basse, puis le guitariste Jonny Buckland a ajouté la section guitare. Pour l'enregistrement de la partie piano, le groupe a utilisé deux microphones. Nelson, qui voulait que la chanson reste simple, a choisi le microphone qui avait un son plus complet pour le mixage.
"Trouble" a été mixé à New York par l'ingénieur mix américain Michael Brauer. La première version mixée a été renvoyée au groupe et à Nelson. Cependant, elle n'était pas aussi bonne qu'ils le voulaient et a dû être mixée à nouveau. Nelson a trouvé quelques problèmes dans la version. Malgré cela, il n'a pas blâmé Brauer parce qu'il n'était pas présent lors du mixage. C'était parce qu'ils enregistraient l'album à ce moment-là.
