Au total, 1,24 million de personnes ont dû se déplacer vers d'autres endroits parce que leurs maisons ont été inondées par le barrage. Ce chiffre représente environ 1,5 % de la population totale de la province du Hubei (60,3 millions) et de la ville de Chongqing (31,44 millions) où se trouve le réservoir. 140 000 habitants de la seule province du Hubei. Le 22 juillet 2008, la plupart des personnes ont été relogées en toute sécurité. 4 millions de personnes supplémentaires devront à terme déménager à Chongqing depuis leur domicile situé près du barrage des Trois Gorges.
Habitat de la faune et sites historiques
Une grande partie de l'habitat des animaux a également été détruite. De nombreux animaux dont la population est très faible ont perdu leur habitat vital. Il s'agit notamment de la grue de Sibérie, une espèce menacée, du dauphin du fleuve Yangtze (baiji) et de l'esturgeon du Yangtze. Environ un milliard de tonnes d'eau sale se déversent dans le Yangzi chaque année. Le barrage a empêché ces eaux usées d'être emportées vers Shanghai et a entraîné de graves problèmes de pollution.
Environ 1 300 sites historiques ont été inondés par le réservoir des Trois Gorges. Nombre de ces sites historiques ont été déplacés vers des lieux plus sûrs. Certains sites historiques ne peuvent être déplacés en raison de leur emplacement, de leur taille ou de leur conception.
Le barrage des Trois Gorges deviendra beaucoup moins spectaculaire, car le niveau de l'eau s'élèvera par endroits jusqu'à 91 m, réduisant la profondeur des canyons.
Problèmes de sédiments
Une grande quantité de limon (sédiments) transporté par la rivière a été piégée dans le réservoir. Si le barrage n'est pas enlevé, le réservoir finira par se remplir de limon, ce qui le rendra inutilisable. De plus, comme le limon de la rivière ne descend plus en aval, la ville de Shanghai souffrira parce qu'il n'y a pas eu de limon pour remplacer les terres qui ont été emportées par la rivière à son embouchure. Dans un fleuve à forte teneur en limon comme le Yangtsé, les sédiments peuvent obstruer les sorties du barrage et celui-ci ne peut plus libérer d'eau. L'eau refoulerait derrière le barrage et n'aurait nulle part où aller, et finirait par passer par-dessus le barrage, le faisant s'effondrer.
Autres dangers
Le barrage est également une cible possible dans la guerre, ce qui affaiblit la sécurité nationale de la Chine. Il est également possible que le barrage se trouve sur une faille sismique.