Publication privée
Le livre manuscrit de Potter s'intitulait The Tale of Peter Rabbit and Mr. McGregor's Garden. Le manuscrit a été refusé par six éditeurs. Même Frederick Warne & Co. a refusé de l'imprimer, alors qu'il avait manifesté son intérêt pour son œuvre il y a plusieurs années. Certains éditeurs voulaient une histoire plus courte. D'autres voulaient une histoire plus longue. Presque tous les éditeurs voulaient que les images soient colorées. Mme Potter était de plus en plus frustrée parce que son livre continuait d'être refusé. Elle avait déjà prévu à quoi devrait ressembler son livre. Elle voulait que le style et la taille de son livre ressemblent à Little Black Sambo. Elle avait également déjà pensé au prix qu'il devrait coûter.
Enfin, elle a décidé de publier elle-même le livre. Le 16 décembre 1901, les 460 premiers exemplaires de son livre imprimé à titre privé, The Tale of Peter Rabbit, sont distribués à sa famille et à ses amis.
Première édition commerciale
En 1901, un ami de la famille de Potter, le chanoine Hardwicke Rawnsley, a transformé l'histoire de Potter en poème et a essayé de donner sa version, avec ses illustrations et une partie de son écriture corrigée, à Frederick Warne & Co. La société a refusé la version de Rawnsley, mais ils voulaient voir le manuscrit complet de Potter. Ils espéraient que The Tale of Peter Rabbit aurait autant de succès que le très populaire Little Black Sambo d'Helen Bannerman et que d'autres livres pour enfants qui se vendaient à l'époque. Mais lorsque Warne demanda pourquoi il n'y avait pas de couleurs dans les illustrations, Potter répondit que les couleurs marron et vert lapin n'étaient pas intéressantes. Warne a répondu qu'il ne publierait pas le livre, mais qu'il pourrait publier d'autres livres qu'elle a écrits plus tard.
Warne voulait des illustrations en couleur dans Le Conte de Peter Rabbit, qu'il appelait le "livre du lapin". Il a également suggéré de n'utiliser que 32 illustrations au lieu des 42 premières illustrations. Au début, Mme Potter ne voulait pas colorier ses illustrations, mais elle s'est rendu compte que ce serait une mauvaise idée de ne pas les colorier. Elle a donc envoyé à Warne de nouvelles illustrations en couleur avec un exemplaire de son édition privée. Warne a ensuite donné à ces deux personnes le célèbre artiste de livres d'images, L. Leslie Brooke, pour voir ce qu'il pensait des illustrations. Brooke était ravie du travail de Potter. Dans le même temps, les petits livres d'images sont devenus très populaires.
Potter continue à montrer des copies imprimées en privé à sa famille et à ses amis. Bientôt, la première impression privée de 250 exemplaires a été épuisée et il a fallu en préparer 200 autres. Elle note dans un exemplaire que son lapin de compagnie Peter est mort le 26 janvier 1901. Il avait neuf ans.
Potter et Warne ont convenu de publier 5 000 exemplaires à bas prix. L'année suivante, un contrat officiel a été signé en juin 1902. Potter travaille dur pour publier l'histoire : elle redessine ses dessins quand elle en a besoin, apporte de petites modifications à l'écriture et corrige la ponctuation. Avant même sa publication au début du mois d'octobre 1902, les 8 000 premiers exemplaires ont été vendus. À la fin de l'année, il y avait 28 000 exemplaires imprimés. Au milieu de l'année 1903, il y a eu une cinquième impression, et le même mois, une sixième impression. Un an après la première publication commerciale, il y avait 56 470 exemplaires imprimés.
Droit d'auteur américain
Le bureau de Warne à New York n'a pas enregistré les droits d'auteur pour The Tale of Peter Rabbit aux États-Unis. Pour cette raison, des copies non autorisées du livre ont commencé à paraître au printemps 1903. Rien ne pouvait empêcher l'impression de copies sans licence.
Cela a fait perdre beaucoup d'argent à Potter. Elle a commencé à réaliser pleinement la nécessité de faire breveter ses livres correctement lorsque, après avoir publié avec succès The Tale of Squirrel Nutkin, son père a trouvé un écureuil jouet appelé Nutkin à la Burlington Arcade à Noël 1903.