Kuzco (David Spade) est un empereur sud-américain égoïste et brave, qui vit la grande vie et punit ceux qui l'offensent. Il convoque Pacha (John Goodman), le chef d'un village local, et lui dit qu'il a l'intention de se construire une somptueuse station balnéaire appelée Kuzcotopia, détruisant ainsi le village. Pacha tente de protester, mais il est renvoyé. Pendant ce temps, Yzma (Eartha Kitt), la conseillère âgée de Kuzco, qui est en colère parce qu'il l'a renvoyée, décide de se venger de l'empereur pour qu'elle puisse prendre le trône. Elle organise avec son laquais Kronk (Patrick Warburton), musclé mais imbécile, un dîner pour Kuzco, où ils prévoient de l'empoisonner, mais le plan tourne mal lorsque l'empereur se transforme en lama.
Après l'avoir assommé, Yzma ordonne à Kronk de se débarrasser de Kuzco. Il le fait et jette son corps inconscient dans une rivière, mais change d'avis et le sauve à la dernière seconde, le perdant accidentellement sur le chariot de Pacha. Lorsqu'il arrive au village, Kuzco se réveille et ordonne à Pacha de le ramener au palais. Pacha accepte, mais seulement s'il construit sa station ailleurs. Kuzco refuse et, contre les avertissements de Pacha, décide de rentrer au palais par ses propres moyens, mais finit par se perdre dans la jungle où il est presque tué par des panthères noires et est secouru par Pacha. Pendant ce temps, Yzma prend le contrôle de l'empire, mais lorsqu'elle apprend que Kuzco a survécu, elle part à sa recherche avec Kronk.
Kuzco semble être d'accord avec les exigences de Pacha, mais pendant le voyage vers le palais, les deux se battent sur un pont qui s'effondre lorsque Kuzco révèle qu'il a toujours l'intention de détruire le village. Travaillant ensemble, les deux hommes sortent de la vallée après l'effondrement du pont. Pendant leur recherche, Yzma et Kronk se retrouvent dans la jungle et prennent les directions de Bucky, un écureuil que Kuzco avait rencontré auparavant.
Kuzco et Pacha arrivent dans un restaurant au bord de la route ; à leur insu, Yzma et Kronk les y ont suivis. Alors que Kuzco se plaint au chef, Pacha écoute le plan d'Yzma et tente d'avertir Kuzco qu'elle prévoit de le tuer. Cependant, il refuse d'écouter, convaincu qu'Yzma lui est fidèle, et révèle qu'il prévoit de revenir sur sa parole et de détruire le village de Pacha. Lorsqu'il entend qu'elle projette de le tuer en raison de son égoïsme, il quitte le restaurant seul et se contente de vivre sa vie comme un lama normal, avant de se réunir et de se réconcilier avec Pacha. Lorsque les deux hommes retournent chez lui pour prendre des provisions, ils découvrent qu'Yzma et Kronk sont arrivés, à leur recherche.
Pacha demande à sa famille de distraire Yzma et Kronk, ce qui leur donne, à lui et à Kuzco, une longueur d'avance alors qu'ils se rendent au palais pour trouver une potion permettant d'inverser les effets de la malédiction ; cependant, ils sont pris en embuscade par Yzma et Kronk, qui les ont en quelque sorte devancés au palais. Lorsque Yzma ordonne à Kronk de tuer les deux, il hésite, la poussant à l'insulter, lui et sa cuisine, l'incitant à la trahir, mais elle le fait tomber dans une trappe. Yzma convoque alors les gardes du palais, qui sont transformés en animaux, les faisant croire qu'ils ont assassiné Kuzco, forçant les deux hommes à s'enfuir avec une arme pleine de potions (Yzma les a intentionnellement jetés à terre pour empêcher Kuzco et Pacha de trouver le bon), et pendant leur poursuite, Kuzco est transformé en divers animaux. Lorsque le duo est acculé, Kuzco et Yzma se battent pour les flacons, en écrasant un et en transformant Yzma en chat.
Kuzco et Pacha font équipe pour récupérer la potion, qu'Yzma s'arrache, mais est assommée par Kronk, qui a trouvé une sortie secrète. Pacha donne la potion à Kuzco, qui se transforme à nouveau en humain. Plus tard, ayant pris conscience des conséquences de son égoïsme, Pacha prend la suggestion de déplacer Kuzcotopia sur une colline voisine. Plus tard, il rejoint Pacha et sa famille dans une station plus petite. Ailleurs, Kronk devient chef scout et forme un groupe de scouts, dont Yzma en tant que chat.
