La terre qui est aujourd'hui le Tadjikistan est habitée depuis 4 000 ans avant Jésus-Christ. Il a été sous la domination de divers empires tout au long de l'histoire, principalement les empires perses.
En l'an 800, l'Islam est venu au Tadjikistan.
En 1868, le Tadjikistan est devenu une colonie russe. Il est ensuite devenu une partie de l'Union soviétique.
Le 9 septembre 1991, après de longues périodes de protestations massives contre le gouvernement soviétique, le Parlement du Tadjikistan a déclaré l'indépendance de l'Union soviétique et a organisé les premières élections présidentielles.
Rahmon Nabiev, qui a dirigé le pays pendant l'Union soviétique à la fin des années 1970 et au début des années 1980, en est devenu le président. Il n'a pas été en mesure d'apporter les réformes nécessaires au pays, et des manifestations ont donc eu lieu dans la capitale, Douchanbé. Le gouvernement a réagi en organisant une manifestation pro-gouvernementale, composée principalement d'anciens membres du parti communiste et de personnes du sud-est du pays amenées dans la ville. Les protestations anti-gouvernementales n'ont pas cessé et le gouvernement a donc donné des armes au manifestant pro-gouvernemental. Ensuite, l'opposition s'est armée.
Après que cette guerre civile sanglante a éclaté. Dans laquelle tous les nouveaux partis, organisations et mouvements démocratiques ainsi que les mouvements politiques islamiques ont créé une alliance, s'opposant à l'ancien gouvernement communiste et aux habitants du Sud.
Après les attentats du 11 septembre 2001, de nombreux soldats américains et français sont entrés dans le pays.