Cinq couches composent l'atmosphère du Soleil. La chromosphère, la région de transition et la couronne sont beaucoup plus chaudes que la surface extérieure de la photosphère du Soleil. On pense que les ondes d'Alfvén peuvent les traverser pour chauffer la couronne.
La zone de température minimale, la couche la plus froide du Soleil, se trouve à environ 500 kilomètres au-dessus de la photosphère. Elle a une température d'environ 4 100 K (3 830 °C). Cette partie du Soleil est suffisamment froide pour permettre la formation de molécules simples telles que le monoxyde de carbone et l'eau. Ces molécules peuvent être observées sur le Soleil à l'aide d'instruments spéciaux appelés spectroscopes.
La chromosphère est la première couche du Soleil que l'on peut voir, en particulier pendant une éclipse solaire, lorsque la lune couvre la plus grande partie du Soleil et bloque la lumière la plus brillante.
La région de transition solaire est la partie de l'atmosphère du Soleil, entre la chromosphère et la partie extérieure appelée couronne. Elle peut être observée depuis l'espace à l'aide de télescopes qui peuvent détecter la lumière ultraviolette. La transition se fait entre deux couches très différentes. Dans la partie inférieure, elle touche la photosphère et la gravité en façonne les caractéristiques. Dans la partie supérieure, la couche de transition touche la couronne.
La couronne est l'atmosphère extérieure du Soleil et est beaucoup plus grande que le reste du Soleil. La couronne s'étend continuellement dans l'espace en formant le vent solaire, qui remplit tout le système solaire. La température moyenne de la couronne et du vent solaire est d'environ 1.000.000-2.000.000 K (1.800.000-3.600.000 °F). Dans les régions les plus chaudes, elle est de 8.000.000-20.000.000 K (14.400.000-36.000.000 °F). Nous ne comprenons pas pourquoi la couronne est si chaude. On peut la voir pendant une éclipse solaire ou avec un instrument appelé coronographe.
L'héliosphère est la fine atmosphère extérieure du Soleil, remplie du plasma du vent solaire. Elle s'étend au-delà de l'orbite de Pluton jusqu'à l'héliopause, où elle forme une limite où elle entre en collision avec le milieu interstellaire.