Ce qui est aujourd'hui le Sud-Soudan faisait autrefois partie du Soudan anglo-égyptien. Cette partie de l'Empire britannique est devenue la République du Soudan lorsque l'indépendance a été obtenue en 1956. Après la première guerre civile soudanaise, la région autonome du Sud-Soudan a été créée en 1972 et a duré jusqu'en 1983. Une deuxième guerre civile soudanaise s'est rapidement développée et a pris fin avec l'accord de paix global de 2005. Plus tard cette année-là, le gouvernement autonome du Sud-Soudan a été formé. Le Sud-Soudan est devenu un État indépendant le 9 juillet 2011 à minuit (heure locale), après un référendum organisé en janvier 2011. Lors de ce référendum, près de 99 % des électeurs ont souhaité se séparer du reste du Soudan.
Le Conseil de sécurité des Nations unies s'est réuni le 13 juillet 2011 pour discuter officiellement de l'adhésion de la République du Sud-Soudan. Le lendemain, 14 juillet 2011, le Sud-Soudan est devenu un État membre des Nations unies. Le Sud-Soudan a également demandé à rejoindre le Commonwealth des Nations, la Communauté de l'Afrique de l'Est, l'Autorité intergouvernementale pour le développement, le Fonds monétaire international et la Banque mondiale. Le pays a également été déclaré éligible à la Ligue arabe.
Lors des Jeux olympiques d'été de 2012, un athlète du Sud-Soudan a participé à la compétition sous le drapeau du Comité international olympique. En 2013, une guerre civile a éclaté.