Traits sans fonction
Toutes les caractéristiques d'un organisme ne sont pas des adaptations. Il peut nécessiter des enquêtes sur le terrain ou des expériences pour savoir s'il a une fonction dans la vie de l'espèce.
Les adaptations ont tendance à refléter la vie passée d'une espèce. Si une espèce a récemment modifié son mode de vie, une adaptation autrefois précieuse peut devenir un vestige de moins en moins important. Les animaux qui vivent dans des grottes sombres perdent souvent, sur une longue période, leurs couleurs et leur vue.
Les raisons de cette situation peuvent varier. La perte de structure et de fonction peut être une adaptation positive qui permet d'économiser de l'énergie et des matériaux. Mais elle peut être simplement un sous-produit de gènes sélectionnés pour d'autres fonctions (pléiotropie). Ou bien la structure peut être liée au cours du développement et affectée par la sélection pour une autre structure.
En règle générale, les adaptations qui ne sont plus utiles deviennent soit des organes vestigiaux (voir appendice vermiforme), soit peuvent être sélectionnées et adaptées à d'autres fonctions (voir osselets d'oreille).
Des adaptations aux fonctions multiples
De nombreuses adaptations servent plus d'une fonction. C'est souvent la raison pour laquelle certains traits deviennent si évidents qu'ils définissent presque l'espèce concernée. Les pattes d'un cheval sont également une défense principale : le coup de pied d'un cheval est très destructeur. Les bois des cerfs mâles ont une fonction sexuelle et servent de défense contre les prédateurs. Le grand cerveau de l'homme sert non seulement au langage, mais aussi à la réflexion et à la résolution de problèmes. Les plumes d'oiseaux ne servent pas seulement à voler, elles sont à la base de la conservation de la chaleur, de la régulation de la température et de la signalisation
Compromis et conflits entre les adaptations
C'est une vérité profonde que la Nature ne connaît pas mieux ; que l'évolution génétique... est une histoire de gaspillage, de fortune, de compromis et de bévue. Peter Medawar.
Les adaptations ne sont jamais parfaites. Il y a toujours des compromis entre les différentes fonctions et structures d'un organisme. C'est l'organisme dans son ensemble qui vit et se reproduit, c'est donc l'ensemble des adaptations qui est transmis aux générations futures.
Toutes les adaptations ont un inconvénient : les pattes de cheval sont parfaites pour courir sur l'herbe, mais elles ne peuvent pas se gratter le dos ; les poils des mammifères aident à la régulation de la température, mais offrent une niche pour les ectoparasites. Les compromis et les improvisations sont monnaie courante, mais pas la perfection. Les pressions de sélection tirent dans différentes directions, et l'adaptation qui en résulte est une sorte de compromis.
Comme le phénotype dans son ensemble est la cible de la sélection, il est impossible d'améliorer simultanément tous les aspects du phénotype au même degré. Ernst Mayr. p589
Paons
Le camouflage pour éviter la détection est détruit lorsque des couleurs vives sont affichées au moment de l'accouplement. Dans ce cas, le risque pour la vie est contrebalancé par le besoin de reproduction. La traîne ornementale du paon (qui repousse à temps pour chaque saison des amours) est une adaptation célèbre. Il doit réduire sa manœuvrabilité et son vol, et est très visible ; de plus, sa croissance coûte des ressources alimentaires.
Darwin expliquait son avantage en termes de sélection sexuelle : "elle dépend de l'avantage que certains individus ont par rapport à d'autres individus du même sexe et de la même espèce, en matière de reproduction". Le type de sélection sexuelle représenté par le paon est appelé "choix du partenaire", ce qui signifie que le processus sélectionne le plus apte par rapport au moins apte, et a donc une valeur de survie. Dans la pratique, le paon bleu Pavo cristatus est une espèce qui réussit assez bien, avec une grande aire de répartition naturelle en Inde, de sorte que le résultat global de son système d'accouplement est tout à fait viable.
La naissance humaine
La taille du cerveau du fœtus humain à la naissance signifie que le cerveau d'un nouveau-né est assez immature. Le cerveau du nouveau-né ne peut pas dépasser environ 400 cm3, sinon il ne passera pas par le bassin de la mère. Pourtant, la taille nécessaire pour un cerveau adulte est d'environ 1 400 cm3.
Les choses les plus vitales de la vie humaine (la locomotion, la parole) n'ont qu'à attendre que le cerveau se développe et mûrisse. C'est le résultat du compromis de naissance. Une grande partie du problème vient de notre position bipède droite, sans laquelle notre bassin pourrait être mieux adapté à la naissance. Les Néandertaliens ont un problème similaire.
Changement de fonction au fil du temps
La fonction d'un trait peut changer, et c'est souvent le cas, au fil du temps. Plusieurs termes ont été utilisés pour décrire cela : préadaptation, exaptation, cooptation. La "préadaptation" est le terme le plus communément utilisé lorsqu'une structure préexistante ou un trait hérité d'un ancêtre évolue vers une fonction différente. C'est le terme utilisé par Julian Huxley et Ernst Mayr. Le terme "pré-" ne signifie pas une quelconque anticipation, il signifie simplement que l'adaptation était déjà disponible, remplissant une fonction plus ancienne. Exaptation" était le mot de Stephen J. Gould.
Un exemple de préadaptation est celui des dinosaures, dont les plumes ont évolué avec la fonction de thermo-isolation et d'affichage bien avant d'être utilisées pour le vol par les premiers oiseaux. Chez les mammifères, les glandes sudoripares se sont transformées par la suite en glandes mammaires. Un autre exemple est le long voyage des osselets d'oreille des mammifères, qui ont commencé dans les couvertures branchiales des poissons anciens, puis sont devenus une partie de la mâchoire inférieure des reptiles, et enfin ont fait partie de l'oreille interne des mammifères. Un autre exemple est celui des ailes de pingouins. Autre exemple : les ailes des pingouins, autrefois utilisées pour voler, sont aujourd'hui utilisées pour "voler" sous l'eau.
Le changement de fonction dans les organes et les structures est extrêmement courant dans l'évolution. De nombreuses caractéristiques des tétrapodes (vertébrés terrestres) ont évolué à partir de caractéristiques ayant différentes fonctions chez les poissons à nageoires lobées ancestraux (Sarcopterygii).