L'analyse des séquences en biologie moléculaire consiste à identifier la séquence des nucléotides dans un acide nucléique, ou des acides aminés dans un peptide ou une protéine. Une fois qu'un échantillon a été obtenu, les séquences d'ADN peuvent être produites automatiquement par une machine et le résultat affiché sur un ordinateur. L'interprétation de ces résultats est toujours une tâche pour l'homme.

Les informations issues de l'analyse des séquences sont utilisées dans de nombreux domaines de la biologie. Elle fournit des informations sur les relations entre les organismes individuels ou entre des groupes d'organismes. Elle montre à quel point ils sont étroitement liés.